利用BioGPS查询基因在细胞或组织中表达量教程

今天给大家介绍一个查询查询基因在细胞或者组织脏器中表达情况的一个网站,BioGPS,它涵盖量很大而且全,是一个非常有利的科研神器。

一些已经发表的文献也是基于这个网站,其中不乏高分文献,例如:Methyltransferase Dnmt3a upregulates HDAC9 to deacytylate the kinase TBK1 for activation of antiviral innate immunity。材料方法学写到:According to the database of gene-annotation portal BioGPS and our preliminary data, macrophages have Inspired by published gene-expression profiles of mouse peritoneal macrophages, we analyzed the expression of genes encoding Dnmt(根据基因注释门户网站BioGPS数据库和我们的初步数据,巨噬细胞受到小鼠腹腔巨噬细胞基因表达谱的启发,我们分析了编码Dnmt3a的基因表达)。所以接着作者就探究其在巨噬细胞中的重要功能做出研究。

用Dnmt3a为例子,首先打开BioGPS,检索框输入Dnmt3a。

           

搜索Dnmt3a后。

           

假设,我选择mouse,可以看到Dnmt3a在巨噬细胞中表达很高。

           

我们再来看另外一篇文章,The RNA helicase DDX46 inhibits innate immunity by entrapping m6A-demethylated antiviral transcripts in the nucleus.同样地也可以用过网站查询DDX46的表达量,也发现DDX46在巨噬细胞中表达量极高。

          

这个网站的信息来源数据库是可以更改的,比如还是刚才检索的Dnmt3a,检索点击右侧的change Dataset,便会出现有6个数据库和2728个数据文库,大家就可以根据需要自行选择。

我们换个数据库看看,可以看到,它在破骨细胞中表达量也很高。

           

虽然说Dnmt3a在骨科已经有了不少研究,但大家可以再找找看目标基因,说不定能遇上一个表达差异大又未被研究过的基因。

           

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