利用Origin做热图 详细图文教程

介绍

热图是作为生信中一种常用的数据表现方法,可以简单地聚合大量数据,同时会使用一种相对应的渐变的颜色条带来展示数据。这种方法可以很直观地展现空间数据的疏密程度或频率高低,但由于太直观了,所以热图在数据表现的准确性并不能保证,也就是体现出来一个大概程度。一般情况下的使用场景是展示各种基因或者是RNA在不同的样本中的表达量,然后从整体来观察其表达模式。

软件
Origin 2019b 32Bit
最新Origin 2019b 破解版本下载地址请移步:Origin 2019b 永久激活 可切换中英文 下载地址及安装教程
图文教程
这里我用Excel里面的=RAND()函数随机生成了一个矩阵。每一行为样品,每一列为不同的基因在不同样品里面的表达量。
数据处理
大家都知道,转录组测序得到的基因表达量有多个,各个数据之间的差异是很大的,那么我们是需要首先要对基因在各个样本中的表达量进行归一化。为什么这么做呢,因为数据从最小值到最大值之间的范围太大,需要的色阶范围就很大,哪有这么大的色阶范围来描述呢,所以,我们要进行数据归一化,方便热图的展示。
现在常见的有两种方法:第一种呢,是对基因在样本中的表达量取对数;另外一种是z-score方法,其中以第二种应用更为广泛。所以我们用Z评分方法来进行数据归一化。
1. 打开Origin2019,输入数据
2. 选中所有数据,使用Z评分进行归一化处理
3. 然后我们的数据就自动在一个sheet生成了
4. 然后我们在下面右击新建一个sheet,输入数据,用这个数据作图

热图

1. 选中数据,选择热图选项
2. 那么最基本的热图就做出来了,我对字体和个别标签进行了调整,就得到了下图
3. 如何更换颜色呢?我们双击图层,选择填充颜色
4. 这里呢,可以双色填充,也可以多色填充。这里我们使用从黑到红色填充。
5. 看看效果

带标签的热图

1. 如果我们想要绘制带标签的数据图怎么办呢?在上面原图的基础上,双击图层,设置标签
2. 第二种办法,就是在作图的时候,直接选择使用带标签的热图进行作图就可以了
3. 然后重复上述操作就可以了

聚类分析的热图

1. 聚类分析的热图要使用到Origin里面的APP功能,首先我们先下载热图所需要的APP,这里我已经下载好了
2. 选中数据(这里我们使用原始数据就行),点击APP
3. 设置,将数据进行标准化(归一化),聚类进行行和列均可
4. 生成图谱,调整各个标签
5. 这就是本节讲的使用Origin做热图的教程,你学会了吗?
 

在线绘图工具

这里提供几个在线绘图工具,大家可以去探索发现。小工具有小工具的优点,快捷,迅速。大家看自己的选择吧,就可以!
1. Heatmapper

http://www.heatmapper.ca/expression/

2. ShinyHeatmap

http://shinyheatmap.com

3. Morpheus 

https://software.broadinstitute.org/morpheus/

4. Clustergrammer 

http://amp.pharm.mssm.edu/clustergrammer/

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2 条回复 A文章作者 M管理员
  1. 感谢大神

  2. 666

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