ImmLnc:NC免疫相关的lncRNA研究工具

21日,Nature Communications 在线发表了一篇文章,研究免疫相关的lncRNA的泛癌分析。
之前我们推过很多套路,关于免疫相关的lncRNA套路有,但是数据整理起来非常费劲。这样好了,想睡觉,就来个枕头。对免疫相关的lncRNA感兴趣的小伙伴,可以躁动起来了。
首先下载TCGA33种癌型的表达谱数据,预处理成lncRNA和coding gene数据。然后计算lncRNA跟gene 的相关性,计算lncRNA跟免疫相关通路的相关性。这样就好了提供了TCGA33种癌型中与免疫相关的lncRNA数据,还成立了数据库,你说high不high。
数据库网址:http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/ImmLnc/
对于我们实用主义者来说,这下课题好做了。
打开数据库,作者诚意十足,提供了lncRNA与通路、免疫、肿瘤、细胞的各种相关数据,还提供了一个R包,可以计算你自己个的数据。
数据库还有lncRNA-pathway 、cell、Cancer 的各种交互操作,对于自行设计课题还是很有帮助的。
姐妹们,抓紧去盘它。
然后数据库讲完,再简单的看下文章思路。
一、计算方法,鉴定与免疫相关的lncRNA,并统计。
2、乱七八糟展示,关联预后。
3、乱七八糟展示,关联细胞
4、乱七八糟展示,关联通路
5、关联突变数据,分子分型(lusc、luad做例子)
6、分子分型(lusc、luad做例子
7、数据库的结构展示
整体看下来,方法上没有什么新的东西,但是胜在提供了免疫相关的lncRNA,这一点还是很宝贵的。类似这种文章是需要付出很大的成本进行数据整合的。比如:RNA编辑的lanscape ,这种肯定可以发,但是成本太高。对于我们来说,还是想想办法如何深入利用这些数据吧。小伙伴们,希望2020年成果多多哦。
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