ImmLnc:NC免疫相关的lncRNA研究工具

21日，Nature Communications 在线发表了一篇文章，研究免疫相关的lncRNA的泛癌分析。

之前我们推过很多套路，关于免疫相关的lncRNA套路有，但是数据整理起来非常费劲。这样好了，想睡觉，就来个枕头。对免疫相关的lncRNA感兴趣的小伙伴，可以躁动起来了。

首先下载TCGA33种癌型的表达谱数据，预处理成lncRNA和coding gene数据。然后计算lncRNA跟gene 的相关性，计算lncRNA跟免疫相关通路的相关性。这样就好了提供了TCGA33种癌型中与免疫相关的lncRNA数据，还成立了数据库，你说high不high。

数据库网址：http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/ImmLnc/

对于我们实用主义者来说，这下课题好做了。

打开数据库，作者诚意十足，提供了lncRNA与通路、免疫、肿瘤、细胞的各种相关数据，还提供了一个R包，可以计算你自己个的数据。

数据库还有lncRNA-pathway 、cell、Cancer 的各种交互操作，对于自行设计课题还是很有帮助的。

姐妹们，抓紧去盘它。

然后数据库讲完，再简单的看下文章思路。

一、计算方法，鉴定与免疫相关的lncRNA，并统计。

2、乱七八糟展示，关联预后。

3、乱七八糟展示，关联细胞。

4、乱七八糟展示，关联通路

5、关联突变数据，分子分型（lusc、luad做例子）

6、分子分型（lusc、luad做例子）

7、数据库的结构展示

整体看下来，方法上没有什么新的东西，但是胜在提供了免疫相关的lncRNA，这一点还是很宝贵的。类似这种文章是需要付出很大的成本进行数据整合的。比如：RNA编辑的lanscape ，这种肯定可以发，但是成本太高。对于我们来说，还是想想办法如何深入利用这些数据吧。小伙伴们，希望2020年成果多多哦。