大家好，有朋友在后台问如何用R绘制聚类热图，其实绘制聚类图的方法有很多，比如MeV软件等等，我们今天看如何用R来绘制聚类图。
首先我们看原始数据，原始数据有两组，每组4个样品，共八个样品，每个样品有35个microRNA，目的是对35个microRNA和8个样品进行聚类。
将目标文件所在目录通过setwd命令设置为当前工作目录，并用getwd()查看目录是否设置成功；设置成功后，利用read.table命令读入目标文件（heatmap_example.txt，注意将文件保存为tab分隔的纯文件文件txt），将第一行的样本名设置为列名（header=T），将第一列设置为行名（row.names=1），通过head(data)查看文件前6行。
###安装软件包
install.packages(“pheatmap”)
install.packages(“vegan”)
###加载所需软件包
library(pheatmap)
library(gplots)
library(vegan)
library(permute)
library(lattice)
###input target file
data<-read.table(“heatmap_example.txt”,header=T,sep=”t”,row.names=1)
data<-as.matrix(data)
###计算样品（或基因）间的距离，常用的计算距离函数如vegdist（包含在vegan包中），可以选择的距离参数如” euclidean”,” jaccard”等，此处以bray-curtis距离为例（”bray”）。
drows<-vegdist(data,method=”bray”)
dcols<-vegdist(t(data),method=”bray”)
###调用pdf函数，用于将图形保存到heatma.pdf中（可根据需要输入其他文件名称）。
pdf(file=”heatmap.pdf”,width=10,height=10)
###使用pheatmap函数画图
pheatmap(data,cellwidth = NA, cellheight =NA, treeheight_row = 50, treeheight_col = 50 ,color = colorRampPalette(c(“green”, “black”,”red”))(100), scale=”row”, legend=TRUE,border_color=NA, fontsize_row=8, fontsize_col=10,clustering_distance_rows =drows, clustering_distance_cols = dcols, clustering_method=”average”,main=”Heatmap”)
###最后关闭图形函数，返回R终端，即正常输入界面
dev.off()
然后回车，就出现我们要的热图啦，绘制的聚类图如下
好了，今天就到这里了，关于代码或者其它分析感兴趣的也可以留言给我，谢谢！
