miRPathDB:全新的MicroRNA-Pathway数据库

在我们聊miRNA套路之前,梦熊先安利一款miRNA/pathway研究的数据库:miRPathDB
该数据的主要功能是查询参与通路内调控的miRNAs,包含了人、鼠两类数据。
主要有三类功能:
  • 分析每条miRNA结合不同位点相关的通路
  • 分析通路中结合不同位点的miRNA
  • 通过不同的数据库计算出的miRNA特征热图
接下来,就让我们快速了解一下吧,详细功能自行摸索(下有链接):
1、分析每条miRNA结合不同位点相关的通路
打开miRPathDB网站:https://mpd.bioinf.uni-sb.de/overview.html
总览该数据库中,共收录了2590多条miRNA的相关通路信息。
可以直接点击或者通过右上角进行搜索相关的miRNA。比如我们想要了解miR-21跟哪些通路相关
找到miR-21,并点后进行详细信息查询:
看到miR-21的靶基因有两千多个。这些相关数据均可以直接用Excel、PDF下载哦。这些分子有的是通过预测得到的,有的是通过实验获得的,这些分子对咱们后期研究有很好的参考价值。
接着就是miR-21相关的通路了。这些通路中包含了上述预测或实验得到的miRNAs相关靶基因,也就说明了miRNAs参与了这些通路的调控。
点击对应数据库下的pathway,就出现对应的pathway内容。比如点击第一条的KEGG数据库-MicroRNAs in cancer:
得到了上面这个图。这个图中,细分了各类肿瘤中上下调的miRNAs。同时,在肿瘤发展过程中的靶基因的变化,以及相关进程中的不同miRNA与靶基因都列出来了。这个都是链接外部数据库内容,不多做介绍了。
2、分析通路中结合不同位点的miRNAs
这里是对常见的通路进行数据分析,筛选出有参与调控性的miRNAs,如:
这里表明,通过各种预测软件进行预测,取交集的有55个miRNAs参与这条通路。另外,有很强实验数据证实的miRNAs有48条。
3、不同的数据库计算出的miRNA特征热图
通过这个方法,可以让我们快速了解一条miRNA是否特定地调控某条通路,还是调控几乎所有的通路。
这里,原作者也做了一下说明,此热图的不足:“Unfortunately, we are not able to render heat maps for the union of the predicted miRNA target sets, as they are too large.”
工具介绍

Remap:NCBI官方基因组坐标转换工具

2020-1-14 16:18:24

工具介绍

Labome:在线抗体快速选择网站

2020-1-17 0:41:41

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