如何研究分子的下游机制?

今天我们来聊研究分子的下游机制的套路。
一般来说,在研究分子的下游分子机制时,有三个角度可以考虑:
一是分子功能,这个相信大家都知道,比如先通过KO、KD或者OE对分子A进行干预,然后根据分子的功能来确定下游的通路和分子;下游的手段根据通量一般分为高通量、中通量和低通量三种,高通量一般是指组学的手段,比如测序、芯片、质谱等等,是指从整体水平进行筛选;中通量研究的分子相对少一点,一般涵盖一个主题的几条或者1条通路的分子,比如PCR Array;而低通量一般指的是一条通路的一个或几个分子,比如WB。选择通量的原则是对分子本身的知道信息的多少,完全不知道可以用通量筛选,知道一些后可以选功能对应的分子来进行中低通量研究。另外,有的分子是棍扫一大片,那就要用中高通量的方法来研究;有的是枪扎一条线,那就要围绕一个点做深。
二是研究层面:这里既包括分子的类型:DNA、RNA、蛋白还是小分子代谢物,也可以根据中心法则分为转录、转录后、翻译后水平等
三是机制模式:我们以前介绍过的分子机制的三种模式:表达、活性和定位
总结以上三点的目的是为了让我们能更系统的理解分子机制,这基本构成了小张理解分子机制的理论框架。
 
关于第二和第三点是我们常常忽略的,总结起来就是分子本身的特点,比如与何种类型的分子结合决定了我们在做这个分子IP的时候检测什么分子,有RNA结合结构域那我们要用RIP-seq来重点检测RNA,与DNA结合那我们用CHIP来检测DNA;另外,如果是激酶,那我们看来蛋白磷酸化的影响;如果影响了分子的转运,要看调控分子的定位有什么变化;如果是参与蛋白的折叠,就要看下游蛋白的折叠是否异常等等,不能一提到机制就做蛋白的差异表达,而不区分分子类型和作用模式。
 
因此,通过以上三种方式,我们在研究分子机制的时候就相对确定了:比如通过全基因组表达谱芯片(高通量)检测mRNA(分子类型)的差异表达(模式为表达),或者通过WB(低通量)检测蛋白(分子类型)的磷酸化修饰(模式一般为活性),通过FISH(低通量)来观察lncRNA(分子类型)细胞核定位(模式为定位),所以要说清楚下游分子机制,用一句话来总结就是:从XX水平(2)影响(促进/抑制)了XX通路XX分子(1)的XX特性(3),比如促进了Wnt信号通路β-catenin蛋白的入核;提高(IL6-IL-6R-stat3通路)IL-6 mRNA的稳定性和表达等等。
 
这些都是理论,希望能帮大家理解科研中最难的“分子机制”;而下游分子机制的确定,就是从这三个角度不断选择和细化的过程。
杂谈

南邮研究生自杀事情始末 学生与导师之间如何相处

2020-1-7 13:01:34

杂谈

高等教育商业化造就的师生地位的不平等

2020-1-8 12:47:56

声明 本网站部分文章源于互联网,出于传递更多信息和学习之目的转载,并不保证内容正确或赞同其观点。
如转载稿涉及失效、版权等问题,请立即联系管理员;我们会予以修改、删除相关文章,请留言反馈
Notice: When your legal rights are being violated, please send an email to: [email protected]
0 条回复 A文章作者 M管理员
    暂无讨论,说说你的看法吧
个人中心
购物车
优惠劵
今日签到
有新私信 私信列表
搜索