R语言是处理生信的神器,处理的图形非常高端洋气上档次。但是敲代码着实麻烦。看完这篇文章,你只要按照笔者的内容复制粘贴代码即可,也可以根据需要更换一点简单的代码,要是不愿意更换,把你的excel表头改成和笔者一样的,直接复制即可。
使用R语言进行单量率的meta分析
R语言最新版本R version 3.6.1(截止到2019年12月20日),下载地址https://www.r-project.org/。使用的镜像大陆的镜像,要是发现下载不流畅,选择另一个镜像。注意,镜像选错,就下载不了!
Rstudio是从官网下载的最新版本,下载地址https://www.rstudio.com/。
将数据库格式改为.csv格式。.xls文件也能在R语言下运行,但是.csv文件更小,在R中运行效果更好。
打开文件可以执行代码:
library(readr)
test <- read_csv(“C:/Users/Administrator/Desktop/test.csv”)
View(test)
也可以使用菜单,打开菜单顺序:file-import dateset-fromtest(readr)
此时,截取的结果便在软件中展示出来:
导入数据后:
执行代码:strepto=read_csv(“C:/Users/Administrator/Desktop/test.csv”)
代码解读:
“C:/Users/Administrator/Desktop/test.csv”值得是文件的位置,“<-”相当于C语言中的“=”,是赋值作用。
打开使用的函数包
点击后,在命令框自动生成以下代码
注意:要是没有安装“matrix”的需要安装一下,执行以下代码即可:
> install.packages(“matrix”)
> head(strepto)
看看我们的图标情况,只能显示六行
下一步我们要做的就是对数据进行处理,执行以下代码:
>res=metabin(tn,tt,cn,ct,data =strepto,sm=”OR”,method=”MH”,studlab=paste(study),comb.random=TRUE)
> forest(res)
tn,tt,cn,ct可以根据自己的表头更换,comb.random=TRUE可以改为comb.fixed=TRUE(固定效应模型)
结果如图所示:
首先来一个亚组分析
>res=metabin(tn,tt,cn,ct,data =strepto,sm=”OR”,method=”MH”,studlab=paste(study),byvar=group,comb.random=TRUE)
> forest(res)
漏斗图来一个
> funnel(res)
再来一个敏感分析
> metainf(res)