(A)体细胞拷贝数改变(SCNAs)的无监督聚类将80个初级UM分成四个簇：1(n=15)，2(n=23)，3(n=22)和4(n=20)，通过增加染色体不稳定性进行排序。上面的协变量轨迹显示SCNA簇(1-4)，3号染色体和8q拷贝数，以及倍性水平。热图显示体细胞拷贝数比(二倍体=0，白色)。较低的协变量轨迹显示(I)临床结果；(Ii)BAP1mRNA表达；(Iii)DNA甲基化、mRNA、lncRNA和miRNA的无监督群集；(Iv)G蛋白信号传导基因、剪接因子和EIF1AX的突变；(V)BAP1改变，包括通过DNA-seq和RNA-seq数据的组装检测到的交替剪接和重排。
(B)BAP1mRNA表达，按SCNA簇分组，BAP1改变状态由(A)中的至少一种方法确定。点显示所有数据值。框图显示数据中的中位值和第25到75个百分位数范围，即四分位数范围(IQR)。晶须延伸到IQR的1.5倍。
(C)3号染色体缺失、BAP1改变和3号染色体上其他体细胞突变的癌细胞部分，用于通过标准SNP-Indel算法或WES数据的局部重组检测到BAP1改变的肿瘤。线条连接发生在同一肿瘤中的事件。
(D)描述导致在簇3病例V4-A9EO(M3，BAP1突变，WGD，然后等染色体8q)中检测到的体细胞事件的可能序列的示意图。
(A) 层次化聚类范式推断通路水平 (IPL) 热图的整合通路分析。样品分为5组（顶部水平轨道）。下面是其他平台的簇成员，染色体3和8q拷贝数，然后是MYC/MAX和MYC/MAX/MIZ1复合物的IPL 概况。主要的热图显示了至少有十个下游调控靶标的范式特征或节点，并且在一个簇与另一个簇的比较中表现出不同的活性。
左边的注释面板指示了一个节点满足这些条件的簇。右侧的垂直颜色条突出显示了属于常见生物学过程的通路节点集：MAPK/PI3K-AKT（紫色）、缺氧（品红色）、DNA损伤修复/反应（绿色）和免疫反应（蓝色）。LOH，杂合性缺失。
(B) 从RPPA数据中M3/BAP1-aberrant与 D3/SF3B1-突变体UM(n = 11) 的DDR途径分数和丰度分布。PKC-α_pS657表示在S657磷酸化的PKC-α。箱形图显示中位值和数据中的第25-75百分位数范围，即IQR。须延长1.5倍 IQR。点显示所有数据值。
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