文献解读:少实验的生信结合LncRNA发高分文章

少到什么程度呢?师兄怀疑实验成本没超过10万!
经常看文献的你,心目中10分的文章应该是什么样子?有些童鞋想都不敢想,是不是觉得10分文章是属于大牛的专属期刊,与我等小民隔了十万八千里,一定程度上没错,10分的文章第一首先得要一个好的idea思路,第二得有那么多钱,第三能做完所有的实验且在毕业前还有1年时间给你投稿!
想一想都不太可能,不过师兄今天看到了这篇文章,工作量大家绝对想象不到的少。
标题:Parentally inherited long non-coding RNA Cyrano isinvolved in zebrafish neurodevelopment
期刊:Nucleic Acids Research(IF=11.147分)
单位:印度科学与创新研究院
发表时间:2018-07-13
摘要:都知道子代会遗传父母的遗传信息,所以才会有种瓜得瓜,种豆得豆,我们都知道各继承了父母的一套染色体,后来我们还知道除了染色体之外,父母的抽烟肥胖等也能通过表观遗传(DNA甲基化、组蛋白修饰、miRNAs等)去影响下一代的生理状态,而这篇文章告诉我们有些来自父母代的lncRNA Cyrano可独立于子代的同一条lncRNA Cyrano,深刻影响这子代的发育,如果母代的该lncRNA Cyrano被沉默,子代的神经系统发育便会受影响,即便子代会自己产生lncRNA Cyrano。
首先一起了解下Nucleic acids research杂志
 
NAR是个老牌的杂志,影响因子11.147分,影响力逐年升高,我们以前经常介绍的很多数据库大部分都来自NAR,年文章量为1200余篇。
Nucleic acids research上7月发表的数据库以及生信文章
Generating genomic platforms to study Candida albicans pathogenesis.
LOLAweb: a containerized web server for interactive genomic locus overlap enrichment analysis.
The BaMM web server for denovo motif discovery and regulatory sequence analysis.
CellAtlasSearch: a scalable search engine for single cells.
FragFit: a web-application for interactive modeling of protein segments into cryo-EM density maps.
BAGEL4: a user-friendly web server to thoroughly mine RiPPs and bacteriocins.
SubtiWiki in 2018: from genes and proteins to functional network annotation of the model organism Bacillus subtilis.
mTM-align: a server for fast protein structure database search and multiple protein structure alignment.
dbCAN2: a meta server for automated carbohydrate-active enzyme annotation.
LitVar: a semantic search engine for linking genomic variant data in PubMed and PMC.
MetaboAnalyst 4.0: towards more transparent and integrative metabolomics analysis.
AAI-profiler: fast proteome-wide exploratory analysis reveals taxonomic identity, misclassification and contamination.
RepeatsDB-lite: a web server for unit annotation of tandem repeat proteins.
bpRNA: large-scale automated annotation and analysis of RNA secondary structure.
InterEvDock2: an expanded server for protein docking using evolutionary and biological information from homology models and multimeric inputs.
SPAR: small RNA-seq portal for analysis of sequencing experiments.
oriTfinder: a web-based tool for the identification of origin of transfers in DNA sequences of bacterial mobile genetic elements.
PhytoNet: comparative co-expression network analyses across phytoplankton and land plants.
有的童鞋就在网上问,在NAR上发表数据库算article吗?答案是:肯定算!所以有兴趣的同学可以找一些会生信的小伙伴建个数据库,写篇文章,也能发个10分了。
然后咱们来看看今天这篇文章到底工作量有没有你见过的10分意义上的多。
(1)别人已发表的数据做生信分析
作者用了几个别人家的测序数据,包括睾丸、精子、卵母细胞、2细胞状态的胚胎等细胞测序数据,做生信分析,筛选了几条lncRNA,而其中lncRNA Cyrano在睾丸、卵母细胞以及受精卵中高度保守且高表达状态
 (2) 保守性ncRNA筛选并用RT-PCR验证生信分析结果
ncRNA的保守性在遗传发育学中是一个非常重要的理论,作者优先筛选了保守性非常强的一些lncRNA来作为进一步的研究。
另外三个antisense lncRNA的表达情况,并不是父母代都表达
LncRNA Cyrano的测序数据、成熟体以及未成熟转录本在睾丸、卵母细胞、2细胞受精卵中的验证,表明LncRNA Cyrano在父母本遗传细胞中都存在(受精卵中),而子代的Cyrano前体RNA前期是未表达的。
 
受精卵直到3hpf期(1000个细胞胚胎期)才开始出现自身的LncRNA Cyrano
(3) LncRNA Cyrano的细胞和动物功能实验
接下来该怎么做呢?就是体内外的功能实验了,看一看母代的Cyrano高表达和敲减干预后,斑马鱼受精卵的发育情况,这里作者用的是miR-7对Cyrano进行敲减
miR-7对Cyrano进行敲减
敲减了Cyrano,斑马鱼胚胎发育异常
然后呢?就是用Cyrano做挽救实验了,看看能否挽救表型,结果和料想的一样。
(4)母代的LncRNA Cyrano 在3hpf期(1000个细胞胚胎期)之后促进神经系统的发育
作者前期发现受精卵在3hpf期(1000个细胞胚胎期)之后就开始有自己的LncRNA Cyrano了,那母代LncRNA Cyrano在48hpf期被敲减后,胚胎的发育依然受到了严重的干扰。
 
说明母代的该LncRNA Cyrano在胚胎的神经发育中发挥着重要作用,而且是子代的Cyrano所无法取代的。
不过人家这个发现确实有创新性,这才是最主要的原因,咱们这篇文章学到了什么呢?
①一个好的科学idea节省上百万经费!
②二手数据生信分析数据挖掘真有用!
③除了ceRNA机制,lncRNA可被miRNA靶向降解!
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