高效率、有记忆力的阅读一篇实验类SCI

对于一个刚踏入科研领域的小白来说,入科第一天的内容往往是师兄/师姐 or 小导师丢来一包沉甸甸的、满怀爱意的文献,并留下谆谆教诲「先把这些文章都看了」,就飘然离去。

空留萌新对着满屏密密麻麻的英文,和除了颜色啥也看不懂的图表,陷入呆滞 ( ̄△ ̄;)

只能含着泪,谷歌翻译一句读一句,但这种形式却没人告诉你,效率低下又抓不到重点。并且……随着年龄的增大……用脑过度、发际线后移、记忆力变差…

最后,不但一天只读下来一篇文章,还说不明白这文章究竟讲了什么。

那么,如何才能避免踩坑,高效率、有记忆力的阅读一篇实验类的 SCI 呢?

下面我们就以一篇近期新发表在 nature 子刊《nature communication》上的机制性研究文章为例,和大家共同学习一下吧~

(一)题目和摘要告诉我们的那些事

首先,明确阅读一篇实验类文章的阅读顺序,以及每个部分的阅读目的是最重要的。

阅读文章的题目和摘要自不用说,而读这部分的目标则是——针对作者提到的关键靶点和机制,理出一条最为主干、且最直观的逻辑链。

典型的实验类文章题目基本可以归结为「A 通过 B 在 C 中发挥 D 功能」。

比如说这篇文章,我们从题目中可以很容易提取到关键信息:BRG1,colonic inflammation,tumor,autophagy 和 oxidative stress。
 
也即是 BRG1(A)通过自噬(B)在减轻结肠炎症和肿瘤中(C)起到隔离氧化应激(D)作用。

摘要有分段式和不分段式两种,但是一般也都包含了背景介绍、方法、结果和结论三个部分,所以这一部分我们放到后面和他们相对应的部分一起讲解。
 
Fig.1 题目和摘要(来自文献)

(二)看图说结果

是的,你们没有看错,阅读完了题目和摘要部分,下一步我们先直接跳到后面阅读结果部分,并且故事要从读 Figure 和 Legend 开始。
 
此时,小可爱们最好拿起你的小本本,记下笔记。因为,读图是理解作者逻辑的最好也是最重要的部分。记下一些关键内容对稍后的进一步整理极有帮助,毕竟……笔者就是那种看了后面就忘记前面的老年人 T T。

那么下面,就先一起来看看示例中这篇文献的 7 张组图都说了些啥。

图片来源:文献截图

比如图 1a,我们首先会注意到 dataset GSE,作者首先自网上获取基因数据,发现在患者和健康人中 BRG1 基因表达存在统计学差异。
 
接下来,图 1b 和 c 都是对数据库中获得的这一基因表达差异在 mRNA 和组织学水平进行验证。总之,图 1 一句话概括,患者的 BRG1 基因表达和正常人不一样。

由于篇幅所限,下面笔者用一张图展示一下所有 Fig 作者都做了一些啥?
 
图片来源:笔者自己做的
 
按照这个逻辑,每个 Fig 只用一句话概括总结,归纳出的内容,居然和作者所列出的结果部分的小标题,几乎是一毛一样!
 
好的,结果部分我们就读完了,先暂时把这张图放到一边(没想到,这文章的工作量真不是一般的大)。

(三)结合讨论完善因果关系

讨论部分不管是读还是写,都是会让萌新特别头大的地方。
 
但是,基本上来说,讨论的第一段往往是作者再次重申本研究的动机;最后一段,则是再次重申重要结果,描述研究意义以及表达局限性;中间,则是对想要重点说明的问题,结合文献予以描述。

在看讨论之前,我们可以先尝试自己勾画结果图之间的因果关系。如果发现有哪一部分缺少了,或者感觉证明的链条不是那么的顺畅,这个时候我们不妨先看看讨论里有没有提及这一区块。
 
在结果中有一些部分的实验作者可能没有进行验证,往往会采用既往文献补充描述的方式、或者是在局限性中提及来使自己的逻辑链更加完整。

比如,这篇文章,就可以简单的调整一下位置,画几个圈,画几个箭头,就整理完了,是不是炒鸡简单!

图片来源:笔者自己做的

(四)回头看背景介绍和方法

至此,其实我们已经把文章的主要内容读完了。
1. 背景介绍
 
背景介绍可以作为一个文献相关研究进展的补充,也可以作为帮助萌新锻炼科研思维、了解本领域相关研究的好物。
 
另一方面,多观摩别人的文章也有助于自己在刚开始写文章的时候,对背景介绍的框架结构、思路顺序、前后连接都能起到很好的参考作用。

背景介绍部分,从作者的角度可以基本概括为「我们已知的」和「我们未知的」。
 
「我们已知的」:基本上可通过作者的描述,构建出相关研究的进展框架;
 
而「我们未知的」:就是作者本文要做的内容,只要看到哪里 unknown 或者未发现相关研究了,那 99% 下面作者就要说,「因此,我们做了啥啥啥….」,在此也不再赘述。
 
当然,对于 SCI 写作苦手的萌新来说,强烈建议边读边摘录背景介绍中的通用句型和词汇,作为日后写自己作的素材库。精读文章的时候坚持这样做,等到有朝一日你们开始写自己的 SCI 的时候,会来感谢笔者的……

2. 研究方法
 
对于大部分小可爱们而言,重点需要关注的是,研究者采用的各种损伤/疾病模型,并且要加上自己的思考。
 
比如,为什么要这样建立模型、具体的建模方法、该方法合理吗、可信度和可行性如何、作者又是如何确定模型建立成功,这样也是很多审稿人会关注的地方。
 
另外,可以用来学习参考的是,作者为了验证一个问题的时候采用了哪几种方法,以及各种实验参数。
 
至于具体操作,笔者建议大家还是去知网找一找使用了同样方法的博、硕士毕业论文来看。
 
不少学子们为了凑字数,方法写的那叫一个详细、具体,非常便于重复,反而是有一些 SCI 文章,会因为这样、那样的原因有意模糊掉一些操作细节。

(五)最后的最后,记得加上自己的思考

虽然,关于如何开始阅读一篇 SCI 文章我们今天已经讲得很多了,但笔者最后还是想真诚的加上这一部分。

相信一篇需要精读的文章,它必定是分值比较高 or 具有不错的设计 or 研究内容和自己比较有关系,因此可以从中学到的东西必然是不少的。
 
但也请大家注意,几乎不存在百分之百完美的设计和文章,时刻清醒的保持一个批判学习的态度是十分重要的。

在一篇文章读到最后之后,再回看整篇文章,尝试提出自己的疑问并且解决,非常有利于科研思维的培养。全篇相信别人的文章,或者不假思索的直接全盘模仿别人文章的模式去设计自己的实验都不是不可取的。

毕竟….. 大家都是要写 SCI、标书,有朝一日要成为答辩评审专家的准大佬嘛(梦想还是要有的,万一有一天实现了呢~)。

最后,祝小可爱们读文愉快~
参考文献:
[1] M. Liu et al., 「BRG1 attenuates colonic inflammation and tumorigenesis through autophagy-dependent oxidative stress sequestration,」 Nat. Commun., vol. 10, no. 1, p. 4614, Dec. 2019.
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