文献解读:5.7分的单基因对单肿瘤的生信文章的思路(套路)

祖国母亲70周年华诞,有7天小假期,为了让您过得更加的充实,特为您奉上一门2个小时的学习课程。课程主要是重现一篇5.7分的生信文章《Correlation of alteration of HLA-F expression and clinical characterization in 593 brain glioma samples》,同时指导您举一反三的方法,让您能够轻松掌握5分文章的生信分析方法。

研究目的

有研究表明HLA-F基因在免疫过程中参与了抗原的呈递,那么HLA-F在脑胶质瘤中是否参与了肿瘤的免疫过程呢,又发挥了什么作用?

数据来源

数据来源有2个,一个是来自CGGA(中国脑胶质瘤基因组计划)的转录组数据和临床数据,另外一个验证数据集是来自GEO上编号GSE16011的芯片数据。

HLA-F基因与临床性状

脑胶质瘤中已有多种临床表型与生存预后显著相关,那么HLA-F在不同临床性状的患者中,基因表达怎么样呢?作者主要比较了肿瘤等级(Grade),IDH1(异柠檬酸脱氢酶1)和分子分型等3个性状中HLA-F基因的表达情况,发现都存在显著的差异,而且肿瘤预后越不好的组别,HLA-F基因表达越高。

免疫组化验证HLA-F差别

通过免疫组化,检测HLA-F在不同等级肿瘤中的表达情况,结果同样证明在肿瘤等级越高的样本中,HLA-F基因的表达越高。

HLA-F预测间质性GBM

脑胶质瘤分子分型中,间质型脑胶质瘤是预后最差的。从前面的分析结果来看,HLA-F在间质型脑胶质瘤中表达最高,是不是可以采用HLA-F预测间质型脑胶质瘤呢?结果发现HLA-F能很好的预测间质型,预测的AUC值达到了0.8 。

HLA-F 生存分析

前面的临床性状相关分析都证明了HLA-A的重要性,那么HLA进行生存分析,是否存在显著性呢?结果发现无论是在所有等级的肿瘤样本中还是Grade IV(恶性)的肿瘤样本中,HLA-F基因的表达量与预后是显著相关的。无论是单因素Cox分析还是多因素Cox生存分析,证明HLA-F也是与生存预后显著相关的。

HLA家族基因相关性

HLA家族的基因都参与了免疫过程中,抗原的呈递,那么他们之间是否存在一定的相关性呢?对HLA家族的基因进行基因表达相关性分析,发现HLA家族的基因存在很高的表达相关性。

HLA-F相关功能分析

HLA-F既然和生存预后显著相关,那其预后的分子机理是怎么样的呢?这就需要对HLA-F基因表达相关性高的基因进行功能分析。分别进行GO,KEGG基因功能的富集分析,发现这些基因主要采用了免疫过程中的病毒入侵响应,免疫响应,抗原呈递等过程。

总结

从分析结果来看,HLA-F参与了脑胶质瘤的肿瘤免疫过程,在其中主要是参与免疫响应和抗原的呈递。这为脑胶质瘤的研究和免疫治疗奠定了免疫基础。

这就是5.7分生信文章的分析内容,不复杂吧? 要想国庆过得更充实,那就花2个小时,听听我给您讲解一下课程的分析代码,你也就掌握了分析该类套路文章的方法了。

Feng Enshan., Liang Tingyu., Wang Xiaoyong., Du Juan., Tang Kai., Wang Xiaoxuan., Wang Fang., You Gan., (2019). Correlation of alteration of HLA-F expression and clinical characterization in 593 brain glioma samples., J Neuroinflammation, 16, 33.

 

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2 条回复 A文章作者 M管理员
  1. 我要学生信

    这个课程的代码从哪里获取啊

  2. GSE 16011 数据临床信息怎么获取?

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