文献解读:3分的网络药理学文章研究套路

目前大火的TCGA,GEO,SEER等数据库更多的关注的是临床基础型研究,对于中医药领域的同胞们似乎不太友好,今天我们就一起学习一篇2019年发表在Biomedicine & Pharmacotherapy杂志的文章,这篇文章思路应该是一篇标准的网络药理学文章,希望对大家有所帮助。

 

首先看一下文章的workflow

文章主要包括两部分首先是靶点预测和富集分析,接着是实验验证部分,自然我们主要集中在前半部分。

 

 

明确复方的所含化学成分
作者利用TCMSPHITTCMID三个数据库获取研究对象中所含有的化合物,接着对于获得的化合物,作者基于ADME进行筛选,ADME是指absorption(吸收), distribution(分布), metabolism(代谢)和excretion(排出),通过设定两个阈值来对化合物进行筛选OB>=30%,DL>=0.18,最终获得了80个化合物, 接着利用PubChem (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ )数据库获得了每一个化合物的结构,接着每个化合物采用Pharmmapper database PubMed database获取相应的靶点信息,构建了复方成分靶点的网络,如下:

 

 

疾病相关靶点的获取

葡萄膜炎相关的靶点信息获取作者采用OMIMDisGeNETGeneCards获取,接着作者对检测到的冗余杂乱的疾病相关的靶点信息进行了剔除,最终获得729个疾病相关的靶点。

网络构建
作者首先对复方靶点和疾病靶点采用韦恩图取交集,对交集内的靶点作者采用String 11.0 database进行PPI网络的构建,并采用Cytoscape构建了复方化合物靶点疾病的网络。

 

生物信息学注释

接着作者对靶点信息进行了KEGG注释和GO注释,寻找其可能作用的信号通路以及参与的生物学过程,如下图所示,发现其主要作用与 Toxoplasmosis” pathwayMAPK 通路。

 

 

 

接着作者进行了实验验证,包括病理检查,流式细胞分析,免疫组化以及Western blot实验等

 

至此整篇文章就结束了。

OK,这个文章就结束了,这篇文章思路非常简单,是研究网络药理入门的一个典型文章,如果你对此感兴趣,可以尝试一下哦,公众号留言板功能已经开通,如果你有更好的思路,欢迎留言!

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