文献解读:3分的网络药理学文章研究套路

目前大火的TCGA，GEO，SEER等数据库更多的关注的是临床基础型研究，对于中医药领域的同胞们似乎不太友好，今天我们就一起学习一篇2019年发表在Biomedicine & Pharmacotherapy杂志的文章，这篇文章思路应该是一篇标准的网络药理学文章，希望对大家有所帮助。

 

一

首先看一下文章的workflow

文章主要包括两部分首先是靶点预测和富集分析，接着是实验验证部分，自然我们主要集中在前半部分。

 

 

二

明确复方的所含化学成分

作者利用TCMSP，HIT，TCMID三个数据库获取研究对象中所含有的化合物，接着对于获得的化合物，作者基于ADME进行筛选，ADME是指absorption（吸收）, distribution（分布）, metabolism（代谢）和excretion（排出），通过设定两个阈值来对化合物进行筛选OB>=30%,DL>=0.18，最终获得了80个化合物， 接着利用PubChem (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ )数据库获得了每一个化合物的结构，接着每个化合物采用Pharmmapper database 和PubMed database获取相应的靶点信息，构建了复方–成分–靶点的网络，如下：

 

 

三

疾病相关靶点的获取

葡萄膜炎相关的靶点信息获取作者采用OMIM，DisGeNET和GeneCards获取，接着作者对检测到的冗余杂乱的疾病相关的靶点信息进行了剔除，最终获得729个疾病相关的靶点。

四

网络构建

作者首先对复方靶点和疾病靶点采用韦恩图取交集，对交集内的靶点作者采用String 11.0 database进行PPI网络的构建，并采用Cytoscape构建了复方–化合物–靶点–疾病的网络。

 

五

生物信息学注释

接着作者对靶点信息进行了KEGG注释和GO注释，寻找其可能作用的信号通路以及参与的生物学过程，如下图所示，发现其主要作用与 “Toxoplasmosis” pathway和MAPK 通路。

 

 

 

接着作者进行了实验验证，包括病理检查，流式细胞分析，免疫组化以及Western blot实验等

 

至此整篇文章就结束了。

OK，这个文章就结束了，这篇文章思路非常简单，是研究网络药理入门的一个典型文章，如果你对此感兴趣，可以尝试一下哦，公众号留言板功能已经开通，如果你有更好的思路，欢迎留言！