介绍三个工具通过中药和小分子预测靶蛋白和相关的功能(比如信号通路)

不少研究中药或者小分子药物的同学想从研究的分子出发预测靶蛋白和相关的功能(比如信号通路),今天我们就来介绍三个工具。
 
1.  BATMAN-TCMhttp://bionet.ncpsb.org/batman-tcm/

这个网站我们以前介绍过,这里再简单说一下使用方法:
 
以三七为例,
第一部分输入三七的拼音:san qi
第二步是确定参数:

最后单击Start就可以了:

等一下以后就出来结果了:
 

 
2.  STITCHhttp://stitch.embl.de/

STRING大家都用过,STITCHSTRING用法相似,可以预测小分子化合物与蛋白的关系网络。
同样以三七成分人参皂苷(Ginsenoside)为例:

提交后这是出来的结果:

下面的Settings是设置,可以用类似STRING的方式设置:

Update后的network

Analysis是预测功能预测:

结果可以在Tables/Exportes导出:

 
3.  SwissTargetPredictionhttp://www.swisstargetprediction.ch/

我们可以直接根据化学结构预测,右侧可以画,

我们按照人参皂苷的化学结构画一下,对于不是很熟悉小伙伴来说要摸索一下,不过小张相信以大家的智商,很快就能画好的;另外还可以作为消遣的工具,画出各种有意思的图:

画好以后就可以提交了,这是预测的结果:

工具就介绍到这里了,欢迎大家留言更多工具和介绍!

工具介绍

通过MeV(Multiple Experiment Viewer)绘制聚类热图

2019-8-15 11:24:47

工具介绍

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