UCSC

  • 利用UCSC的XENA用于批量下载TCGA数据库

    使用UCSC的XENA用于批量下载TCGA数据库,UCSC的XENA浏览器https://xenabrowser.net/datapages/ 是一个非常方便的TCGA数据浏览下载工具。 打开后,右侧有很多数据来源,选择GDC hub。GDC是Genomic Data Commons的缩写,是由美国国家癌症研究所NCI建立的一套癌症数据共享系统,它包括TCG…

    2019年11月26日 0 1.7K
  • ISOexpresso:肿瘤研究新工具!

    真核生物可以通过可变剪切(alternative splicing)将一个mRNA前体生成多种mRNA异构体(isoforms)。目前一般认为,可变剪接有5种基本形式:外显子跳跃(Exon skipping)、互斥外显子(Mutually exclusive exon)、3’端可变剪接(Alternative 3’ splice site)、5’端可变剪接(…

    2019年10月23日 0 791
  • 如何查lncRNA序列?lncRNAdb以及UCSC数据库

    小张最近与大家交流的时候发现一个现象甚是奇特:大家常常问比较类似的问题,比如前几天写过的为什么lncRNA总是干扰不掉,如何通过疾病查信号通路,如何通过信号通路和疾病查microRNA和靶基因等等,再比如今天这个怎么查lncRNA的序列? 这些应该都是常遇到的问题,所以欢迎大家提问,小张把问题整理后单独写文章来解答。 我们以前介绍过lncRNA的命名方式,我…

    2019年8月10日 0 2.8K