TCGA

  • WGCNA四分文章套路视频(TCGA和GEO数据库联合共表达分析)生信自学网 免费下载

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    2020年7月2日 12 429
  • cbioPortal:TCGA多组学联合分析数据库

    之前我们在介绍GEPIA的时候,说这个数据库只能用于TCGA表达数据的一些分析。但是对于TCGA数据而言,里面包括相同样本的表达、突变、拷贝数、甲基化以及临床信息等数据,所以我们其实可以利用TCGA数据库来进行多组学之间的交叉分析。今天我们就介绍一个TCGA多组学分析的经典数据库:cbioPortal(https://www.cbioportal.org/)…

    2020年5月18日 0 463
  • TCGA癌症数据名称 缩写对照表

    癌症名称缩写 癌症英文全称 癌症中文名称 ACC Adrenocortical carcinoma 肾上腺皮质癌 BLCA Bladder Urothelial Carcinoma 膀胱尿路上皮癌 BRCA Breast invasive carcinoma 乳腺浸润癌 CESC Cervical squamous cell carcinoma and en…

    生物信息学 2020年4月30日 0 636
  • 文献解读:TCGA转移的泛癌研究

    作者提取了TCGA数据库的4473个肿瘤样本和395个肿瘤的转移样本进行分析,这比普通的T、N比较要有新颖性一些。 figure1 就是将11种癌症分别进行差异性分析。 figure2 相当于巨大的韦恩图,找出上调的交集和下调的基因交集,然后再画出这821个具有交集的差异基因的热图。 figure3就是差异基因的GO啦,那为什么有两个热图?当然是上调画一个,…

    2020年4月30日 0 424
  • 最出名的TCGA表达相关数据库GEPIA2介绍

    有小伙伴后台留言说想知道 GEPIA 数据库的用法,正好最近一段时间GEPIA2更新了,其中也更新了一些新的功能。所以就趁着这个机会给大家介绍一下GEPIA2吧。 有小伙伴后台留言说想知道 GEPIA 数据库的用法,正好最近一段时间GEPIA2更新了,其中也更新了一些新的功能。所以就趁着这个机会给大家介绍一下GEPIA2吧。 GEPIA2 对于 TCGA 数…

    2020年4月29日 0 332
  • TCGA、ICGC、GTEx数据库简介

    我们在进行数据库介绍,尤其是肿瘤相关数据库的时候,经常会提到说这个使用了 TCGA/GTEx 数据库的数据,那么这两个数据库到底是什么呢?为什么会有用这两个数据库呢?另外呢,由于最近ICGC提的也比较多,所以这里也就做一下简单的介绍。 需要明确的是,这几个数据库属于原始数据储存数据库。我们在这里得到的都是相对原始的数据库,需要具备一定的数据分析能力。 TCG…

    2020年4月16日 0 1.1K
  • TCGA数据下载与ID转换教程

    TCGA数据下载 TCGA数据下载的方式有很多,本次我们利用UCSC Xena数据库下载数据,网址是:https://xenabrowser.net/。该平台内置了一些公共数据集,比如来自TCGA,  ICGC等大型癌症研究项目的数据,不仅可以对数据进行分析,而且还提供了对应文件的下载功能。   打开后界面是这样的 点击DATA SETS,里面有很…

    2020年3月22日 0 1.3K
  • 搞定TCGA批次效应!?

    批次效应,一般存在于要合并/比较分析的数据中。举几个例子: 1、两家不同的医院搜集样本检测得到的数据 2、同一家医院不同时间送去测序得到的数据 3、同一批样本,分两次测序得到的数据 4、用不同的测序平台得到的数据 等等等等…都会产生批次效应。基于上述可能的情形所得两组样本间的直观差异,我们可以将批次效应简单理解为,非真实生物学差异 (如机构、技术、操作等) …

    2020年3月6日 0 1.6K
  • 如何使用命令行进行TCGA数据库资料的断点续传的下载

    由于TCGA数据库是在国外的,网站的在线下载不支持断点续传,我们使用网站的在线下载功能时,往往因为数据量大文件的时候往往会因为网络问题出现卡顿,并且一旦出现网络问题以前下载的信息全部作废了。 今天介绍如何使用命令行进行TCGA数据库资料的断点续传的下载。代码小白们不要担心,我把代码放到文章里,你只需要复制粘贴,更换一下文件名就可以了。 首先下载GDC Dat…

    2020年3月6日 0 303
  • 文献解读:TCGA作测试集 GEO作验证集的免疫分子分型

    今天分享的是发表于老牌杂志ONCOIMMUNOLOGY的一篇文章,该杂志影响因子5.3,中科院分区一区。文章标题为Two immune-enhanced molecular subtypes differ in inflammation, checkpoint signaling and outcome of advanced head and neck s…

    2019年12月27日 0 1.5K