R语言

  • R语言三行代码制作森林图教程

    昨天小何同学辛辛苦苦学习并和大家分享了如何使用Exel制作新英格兰水平的森林图。 看的出来,是相当漂亮的。 不过在使用Exel制作森林图过程中,需要手动添加很多辅助线,反复设置线条标记,粗细,最后还要将表格和森林图进行对齐,过程相对繁琐。 大概是因为制作过程比较痛苦,于是小何许愿说希望有三行代码就可以解决的办法。 本着关爱师弟就有饭吃的原则,今天就分享一下如…

    2020年6月28日 0 34
  • R语言基础教程:多种方法安装R包

    各位朋友,大家好。我是Flyman,今天和大家分享一下R包安装的各种姿势。谈到R包,大家都会觉得没有R包的R语言,可能就不那么吸引人了,根据最新的Rdocument网站显示,目前仅CRAN的包就达到了19557个,足以见的其魅力无穷呀。 今天,我们主要是带着大家总结一下R包安装的各种方法。 1 鼠标点击安装,首先选择Tools,然后选择install pac…

    2020年6月26日 0 43
  • 生信入门篇R语言书籍推荐

    我们为大家整理了12本学习R语言的好书,相信这几本R语言书籍能助你快速走进通往奥秘的大门。 01   02 本书重点讲解R的绘图系统,指导读者通过绘图系统实现数据可视化。 书中提供了快速绘制高质量图形的150多种技巧,每个技巧用来解决一个特定的 绘图需求。读者可以通过目录快速定位到自己遇到的问题,查阅相应的解决方案。   同时,作者在大部分的技巧之后会进行一…

    2020年6月25日 0 83
  • R语言:选择性屏蔽输出及输出重定向

    在linux中,很多命令的默认输出是stout,一般stout就是指的屏幕,而在需要的时候还可以将输出重定向,比如将输出转至文件中保存,使用>就可以实现,比如: ls ~ > content.txt # 将Home文件夹下的文件名列表保存至content.txt中 而且linux的输出还可以细分为标准输出和标准错误输出,分别使用1和2来表示。 1…

    生物信息学 2020年6月23日 0 64
  • R语言统计与绘图:组间差异的多重比较

    前面我们一起学习了如何进行多组独立样本的差异比较,包括参数和非参数的检验方法。但备择假设为组间的差异不全相等,如拒绝原假设的话,通常需要进行组间差异多重比较,即两两比较。 针对不同的设计和数据特征,我们可以选择合适的方法,如图1所示。 图1 下面,我们将接着方差分析和非参数检验的例子进一步介绍在R中实现组间差异的多重比较。 目  录 1. 参数检验 1.1 …

    2020年6月23日 0 95
  • R语言统计与绘图:卡方检验

    卡方检验在计数资料中的应用,包括推断两个总体率或构成比之间有无差别、多个总体率或构成比之间有无差别、多个样本率间的多重比较、两个分类变量之间有无关联性、多维列联表的分析和频数分布拟合优度的卡方检验。 选自:周支瑞老师 下面分别介绍计数资料怎么进行卡方检验。 目  录 1. 四格表资料的卡方检验 1.1 数据集数据 1.2 向量或矩阵数据 1.3 chisq….

    2020年6月20日 0 117
  • R语言统计与绘图:ROC曲线的统计计算

    ROC曲线是临床中常用的统计分析之一,R中可以绘制ROC曲线的包也有很多,pROC包就是其中的佼佼者。 pROC包可以计算AUC和95%置信区间,可以可视化、平滑和比较ROC曲线。 pROC包中的常用缩写 缩写 解释 ROC曲线 受试者操作特征曲线 AUC ROC曲线下面积 pAUC 部分ROC曲线下面积 CI 置信区间 SP 特异度specificity …

    2020年6月19日 0 112
  • R语言统计与绘图:可视化ROC曲线的置信区间

    ROC曲线是临床中常用的统计分析之一,R中可以绘制ROC曲线的包也有很多,pROC包就是其中的佼佼者。 pROC包可以计算AUC和95%置信区间,可以可视化、平滑和比较ROC曲线。 pROC包中的常用缩写: 缩写 解释 ROC曲线 受试者操作特征曲线 AUC ROC曲线下面积 pAUC 部分ROC曲线下面积 CI 置信区间 SP 特异度specificity…

    2020年6月19日 0 108
  • R语言统计与绘图:绘制平滑ROC曲线

    ROC曲线是临床中常用的统计分析之一,R中可以绘制ROC曲线的包也有很多,pROC包就是其中的佼佼者。 pROC包可以计算AUC和95%置信区间,可以可视化、平滑和比较ROC曲线。 今天来学习下怎么使用pROC包来绘制平滑ROC曲线。 目  录 1. 安装和加载R包 2. 读取内置数据集 3. 拟合平滑ROC对象 4. 平滑ROC曲线的方法 5. 先绘制1条…

    2020年6月19日 0 84
  • R语言gemtc包对生存数据进行贝叶斯网状Meta分析

    大家好,本教程将介绍如何使用R的gemtc包对生存数据(HR为效应量)进行贝叶斯网状Meta分析。 前提条件 需要下载R软件(推荐使用的R版本为3.5.3),以及RStudio(一个R的友好交互界面)。 准备工作完成后,打开RStudio后,在console里输入: install.packages(“gemtc”) 第一次安装的时候,安装速度可能比较慢,耐…

    2020年5月24日 0 293