miRNA

  • 文献解读:miRNA上下游机制研究

    今天小编带来的一篇文章主要研究了miRNA在胃癌中的调控分子作用,并重点阐释了与其相结合的上游及下游分子,形成一个分子轴发挥作用。虽然这篇文章只有3.8分,但适合初学者学习。不妨来看一下它miRNA上下游机制探索思路和研究方法吧。             1.miR-5100促进胃癌细胞凋亡并抑制自噬 首先作者发现miR-5100在胃癌组织和胃癌细胞系中均是…

    2020年6月22日 0 305
  • lncRNAMap:含GEO分析结果的lncRNA在线工具

    之前,梦熊分享了一个简单挑选目标miRNA的思路。其中有一个lncRNA在线工具大家可能接触得较少:lncRNAMap http://lncrnamap.mbc.nctu.edu.tw/php/ 该工具涵盖了lncRNAs信息介绍;可以下载lncRNAs序列;在肿瘤及正常样本中表达的数据(GEO数据);分析miRNAs结合信息 1、Browse列举了所有该工…

    2020年3月1日 0 514
  • 非编码RNA数据库总结

    是不是发现Starbase貌似一直登录不上? 是不是还在为非编码RNA的课题设计而发愁呢? 今天师兄给大家带来一篇非编码RNA生信工具大全以及课题设计文章,以前我们也分别介绍过不少非编码RNA数据库,像miRNA的,也有lncRNA、circRNA的。数据挖掘的工具也在不断发展,今天咱们系统地把miRNA、lncRNA、circRNA的所有最新、实用数据库介…

    2020年1月8日 0 533
  • TCGA:成熟体miRNA表达数据整理方法

    小编没事喜欢更新自己的脚本,今天轮到成熟体miRNA表达数据整理。使用TCGAbiolinks包的 GDCquery、 GDCdownload和 GDCprepare三步走之后,我们可以得到如下数据,查看: options(width=100) as.data.frame(dataAssy)[1:3,] 接下来需要对该数据进行整理,对该数据的描述详见: 数据…

    2020年1月1日 0 744
  • 文献解读:mRNA-miRNA-lncRNA网络在胰腺癌中的作用

    摘要 近年来,越来越多的证据揭示了mRNA-miRNA-lncRNA网络在多种人类肿瘤中的作用。然而,与胰腺癌预后相关的系统的mRNA-miRNA-lncRNA网络仍然缺乏。 研究结果   图1 图1:胰腺癌中显著差异表达基因(DEG)的鉴定。 (A)显示从GSE16515确定的DEGS的火山图。 (B)显示从GSE15471中识别出的DEGS的火…

    2019年12月26日 0 685
  • 文献解读:第一次对自然表达的circRNA进行功能分析

    摘要 microRNAs(MiRNAs)是基因表达的重要转录后调节因子,通过与信使RNAs1非翻译区内的靶位点直接碱基配对发挥作用。最近,miRNA活性已被证明受到miRNA海绵转录物,即所谓的人类中的竞争内源性RNA和植物中的靶模拟2-7的存在的影响。我们先前在人类和小鼠大脑中发现了一种高表达的圆形RNA(CircRNA)8。 研究结果 图1 图1:CIR…

    2019年12月26日 0 432
  • 文献解读:miRNA通过AGO2调控circRNA表达

    circRNA通过吸附miRNA发挥作用的文章已经比较多了,今天我们来看一篇miRNA调控circRNA的文章: MicroRNA-1224 splicing circularRNA-Filip1l in an Ago2- dependent manner regulates chronic inflammatory pain via targeting U…

    2019年12月25日 0 673
  • miRNA SNP V3:miRNA的SNP研究数据库

    上面我们给大家介绍了miRNA的SNP临床研究套路、基础研究套路。不知大家是否领悟到了核心思想,有没有想要挖掘一下,来小试牛刀呢?不过小鹿还是想要提醒大家,相比于学习数据库的使用,把前面的几篇文章好好读一读,理解清楚思路才是更重要的事情。 今天小鹿给大家推荐一个数据库工具,帮助大家挖掘这个方向!这个数据库就是华中科技大学郭安源教授课题组开发的miRNA SN…

    2019年12月13日 0 606
  • 高分杂志的miRNA的SNP的基础实验研究思路

    今天给大家介绍的是miRNA的SNP的基础实验研究范式啦!   我们都知道miRNA是一种长度为21到23个核苷酸的RNA分子,当它结合到mRNA的3‘UTR区,从而促进mRNA的降解,调控基因的表达。但是当miRNA有一个或者两个碱基发生变异时,miRNA是否还能发挥正常的调控功能,这个就很难保证了。毕竟从miRNA就那么长,一个碱基就占了大约…

    2019年12月10日 0 551
  • 文献解读:结构化分析一篇23分顶刊文章

    Noncoding RNA主要包括miRNA,lncRNA及circRNA,是最近几年的热门研究领域。其广泛参与生命活动的各种调节过程,且不编码蛋白,又被称为生物界的暗物质。miRNA目前已经研究的相对成熟,其主要作用是结合在基因的3’ UTR区,负向调节基因的表达。   LncRNA及circRNA是近期研究的主要内容, lncRNA的作用模式目前主要有S…

    2019年11月19日 0 667