m6A

  • m6A的纯生信文章思路

    无论医疗工作者还是研究生等等,如何在繁忙的工作生活中运用最短的时间,无需做实验发一篇SCI,一直是我们最头疼的问题!而如今纯生信文章就是作为SCI入门级别的不二选择!小编今天就为大家介绍一篇热点m6A的纯生信文章,摸清套路,总结方法,就是我们看文章的第一步。文献网址:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32500031/ 文章主要…

    2020年8月5日 0 4
  • 文献解读:M6a热点结合肿瘤生信挖掘

    继非编码RNA之后,m6A RNA甲基化成了炙手可热的新明星。2020年1月至5月初,总计有275篇m6A相关研究发表,平均每月60篇左右。其中不乏一些高分文章,如Nature及Science。 借助m6A这一热点,深陷非编码泥坑的生信分析文章也再次看到了曙光,今天我们先来看看第一缕光长啥样:研究m6A相关基因在疾病中的作用(不同的数据来源+不同的目标基因+…

    2020年5月14日 0 781
  • m6A文献解读

    前几天我们一直在介绍m6A相关的数据库,正好之前看过一篇关于m6A的文献。这里就来做一下这个文献的抄读吧。 今天抄读的这篇文献是2019年来自于中山大学发表的一篇m6A相关的文献。 METTL3在结肠癌当中的基本结果为了评价m6A在大肠癌当中的作用,作者首先评价了 m6A 的相关基因在 TCGA 数据库当中的结肠癌的差异表达的情况,同时利用自己的医院的样本来…

    2020年5月11日 0 515
  • m6A数据库总体评价介绍

    数据库汇总 通过对昨天检索到的的20个得到的数据库进行整理总结,我们发现一共有19个是和m6A相关(没有关系是因为在摘要当中也提到了m6A,所以我们也就提取到了),在19个里面有一个数据库已经停止使用了,所以剩下了18个数据库和m6A相关。下面就对这18个数据库进行总结。 由于我们在使用昨天使用pubmed检索的时候,检索的是所有在摘要当中出现网址同时满足数…

    2020年5月9日 0 300
  • 基于序列分析的m6A数据库简介

    基于基因序列来进行预测的数据库,一般的输入文件都是序列文件。序列文件的话一般都是 fasta 的文件格式,文件格式就是下图这种的。 这个文件主要包括两个部分: 第一行,注释信息。这个注释信息我们可以自己来添加的,主要是为了告诉计算机下面序列是什么东西。注释信息前面必须有一个 “>”,至于后面的内容是什么都不重要。你就算写 > askjdkljas…

    2020年5月9日 0 398
  • 基于测序数据的m6A数据库汇总

    基本原理讲解 随着测序技术的发展,我们可以通过二代测序的技术来预测m6A。关于m6A测序的技术叫做meRIP-seq,这个测序结果的分析,类似于chip-seq,最后我们可以获得一种叫做peak的文件,这个代表m6A甲基化修饰在哪个位置。但是至于说是否影响基因的表达什么的,这个测序结果还是看不到的,还是需要结合RNA-seq来看的。 相关数据库讲解 基于测序…

    2020年5月9日 0 681
  • 文献解读:m6A RNA甲基化研究思路

    今天讲一讲非编码RNA之后炙手可热的明星——m6A RNA甲基化,m6A是指腺嘌呤的第6位氮原子发生甲基化修饰,进行“书写”(Writer)、“擦除”(Eraser)或“阅读”(Reader),从而对RNA产生调控作用。 本次解读文献来自Nature子刊Nature Cell Biology(IF:17.7)题目为“Recognition of RNA N6…

    2020年4月29日 0 684
  • 文献解读:IGF2BP3是一个跨越多种癌症类型的潜在癌基因

    摘要 N6腺苷(M6A)甲基化在多种生物学过程中起着重要作用。然而,关于M6A跨癌症类型重建的知识仍然缺乏。在这里,我们系统地分析了代表33种癌症类型的10000多名受试者中M6A调节剂的分子改变和临床相关性。我们发现,M6A调节器存在广泛的遗传改变,并且它们的表达水平与癌症标志相关通路的活性显著相关。此外,M6A调节因子被发现对预后分层有潜在的帮助,我们确…

    2020年1月14日 0 631
  • mRNA m6A甲基化修饰参与少突胶质细胞发育以及中枢系统髓鞘形成

    在中枢神经系统中,少突胶质细胞(oligodendrocytes,OLs)形成多层膜质结构(髓鞘, Myelin)包裹和隔离神经轴突, 负责神经信号快速传导,以及发挥着营养神经、调整神经冲动同步化传导等重要的作用。髓鞘是大脑白质的主要构成成分,其发育异常以及病理性损伤都能导致严重的中枢神经系统疾病, 如多发性硬化,脑白质营养不良等。因此,研究少突胶质细胞发育…

    2020年1月4日 0 733
  • 文献解读:m6A热点的纯生信分析文章

    摘要 m6A是最常见的mRNA修饰形式。然而,对其在透明细胞肾癌(CcRCC)中的作用知之甚少。本研究旨在确定ccRCC中m6A调节因子的基因特征和预后价值。在这项研究中,总共528名来自TCGA数据库的ccRCC患者包括了测序和CNV数据。 研究结果   图1 图1:ccRCC中m6A调节基因的CNVs。 (A)根据TCGA的数据,含有m6A调节…

    2019年12月26日 0 757