lncRNA
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文献解读:lncRNA高分的常规分析思路
LncRNA是肿瘤研究领域的大热门，今天给文献解读来自Molecular Cancer（IF=10.67）题目为“m6A-induced lncRNA PR11 triggers the dissemination of colorectal cancer cell via upregulation of Zeb 1”，虽说期刊是高分顶刊，但思路常规，适合学…
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lnCAR：lncRNA的综合数据库
笔者是做癌症相关研究的，相信如果是同研究方向的小伙伴都知道 lncRNA 对于癌症的发展调控的重要性。 然而，想要探究 lncRNA 在肿瘤中的机制时，却发现相关的数据源太少。不过，好在笔者发现了一个关于 lncRNA 的综合数据库。 做 lncRNA 相关的研究的朋友，可以借助这个数据库进行前期调研，不需要花费大功夫在获取 lncRNA 数据以及一…
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lncLocator:在线预测lncRNA亚细胞定位的网站
在整个基因转录翻译的过程当中，基因是在细胞核发生转录，然后出核到细胞质当中发生翻译。对 lncRNA 而言，由于lncRNA的功能主要还是通过影响其它基因来实现的。所以 lncRNA 在不同的位置影响的功能肯定也是不一样的。如果在细胞核，就是参与转录调控了，经典的方式还是影响ceRNA的方式来进行调控；而如果在细胞质的话，那就参与转录后调控了，比如和mRNA…
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文献解读:LncRNA10分文章研究思路
今天解读文献来自Molecular Cancer（IF=10.67）题目为“Long noncoding RNA GAS5 inhibits progression of colorectal cancer by interacting with and triggering YAP phosphorylation and degradation and i…
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ImmLnc:NC免疫相关的lncRNA研究工具
21日，Nature Communications 在线发表了一篇文章，研究免疫相关的lncRNA的泛癌分析。 之前我们推过很多套路，关于免疫相关的lncRNA套路有，但是数据整理起来非常费劲。这样好了，想睡觉，就来个枕头。对免疫相关的lncRNA感兴趣的小伙伴，可以躁动起来了。 首先下载TCGA33种癌型的表达谱数据，预处理成lncRNA和coding g…
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文献解读:lncRNA预测模型结合WGCNA网络
今天文献解读的是2020年1月份发表在AGING（IF:5.515）上的一篇文章，标题是Identification of a nomogram based on long non-coding RNA to improve prognosis prediction of esophageal squamous cell carcinoma（基于长非编码RN…
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文献解读:癌症领域的lncRNA研究思路
今天为大家文献解读一篇癌症领域的lncRNA文章，其发表于Cancer Discovery上题目是：LncRNA GClnc1 Promotes Gastric Carcinogenesis and May Act as a Modular Scaffold of WDR5 and KAT2A Complexes to Specify the Histone…
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lncRNA标书、开题和文章必看的高分综述
如果你的一个医学或者实验室的朋友最近不怎么发朋友圈了，不怎么联系你了，请不用担心，他们都在闭关呢，给老板、老婆、老公们写标书、写开题、写文章呢。 相信这里面有不少在写非编码RNA的，不可或缺的就是introduction和参考文献，这些都有赖于大量的文献阅读，最终要的资源就是综述了，师兄给大家介绍一下推荐的高分的lncRNA综述，供大家参考。 1) Tren…
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使用两个独立的癌症药物基因组数据集验证了lncRNA EN模型的稳健性
摘要 越来越多的证据表明，长非编码RNA(LncRNA)在肿瘤药物反应中起着重要作用。在这里，我们报道了通过整合1005个肿瘤细胞系的多维基因组数据和265个抗癌化合物的药物反应数据而构建的lncRNA药物基因组图谱。使用弹性网络(EN)回归，我们的分析识别出27341个lncRNAdrug预测对。我们使用两个独立的癌症药物基因组数据集验证了lncRNA E…
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非编码RNA数据库总结
是不是发现Starbase貌似一直登录不上？ 是不是还在为非编码RNA的课题设计而发愁呢？ 今天师兄给大家带来一篇非编码RNA生信工具大全以及课题设计文章，以前我们也分别介绍过不少非编码RNA数据库，像miRNA的，也有lncRNA、circRNA的。数据挖掘的工具也在不断发展，今天咱们系统地把miRNA、lncRNA、circRNA的所有最新、实用数据库介…
