GEPIA

  • 最出名的TCGA表达相关数据库GEPIA2介绍(二)

    有小伙伴说想知道GEPIA数据库的用法。正好最近一段时间GEPIA2更新了,其中也更新了一些新的功能。所以就趁着这个机会给大家介绍一下GEPIA2吧。昨天我们介绍了其中一部分,这里我们来说一下后面的一些功能。 1 预后分析 如果要查看一个基因的预后,可以通过这个功能来查看。新版的预后分析添加了一些新的选择,这里我们就简单的介绍一下。基因输入方面:我们可以输入…

    2020年4月30日 0 592
  • 最出名的TCGA表达相关数据库GEPIA2介绍

    有小伙伴后台留言说想知道 GEPIA 数据库的用法,正好最近一段时间GEPIA2更新了,其中也更新了一些新的功能。所以就趁着这个机会给大家介绍一下GEPIA2吧。 有小伙伴后台留言说想知道 GEPIA 数据库的用法,正好最近一段时间GEPIA2更新了,其中也更新了一些新的功能。所以就趁着这个机会给大家介绍一下GEPIA2吧。 GEPIA2 对于 TCGA 数…

    2020年4月29日 0 468
  • GEPIA2详解(中国智造-肿瘤数据库)

    图片来源:GEPIA2 GEPIA2 是北京大学张泽民老师实验室开发的一个网站,能够对TCGA和GTEx项目共9736个肿瘤样本、8587个正常样本的RNA-seq表达数据进行分析。目前该网站已经有两篇文章发表。 参考文献: Tang, Z. et al. (2017) GEPIA: a web server for cancer and normal ge…

    2020年3月30日 0 1.4K
  • GEPIA2介绍:在线TCGA基因表达和生存分析的工具

    今天跟大家分享的是一个在线TCGA基因表达和生存分析的工具(GEPIA2),2019年发表在NAR上,目前已更新到2.0版本,访问网址是http://gepia2.cancer-pku.cn/#index,做TCGA数据的基因差异表达、相关性、预后等相关研究的小伙伴可以作为参考,结果和图可以直接导出。   GEPIA2: an enhanced web se…

    2020年1月17日 0 2.4K
  • TCGA神器:GEPIA功能的全面分析总结

    之前也有不少文章对GEPIA做过有针对性的推荐,而本帖则主要将GEPIA的功能做一次全面的分析。 GEPIA平台对TCGA数据的分析足以满足大部分处于科研金字塔底层的劳动人民的日常科研补图需求,那么GEPIA可以提供哪些直接可用的功能和图呢? 1. 对选定癌种的差异基因分析汇总,并具体在每一条染色体表示。 2. 对选定基因的表达量(基于TPM值)分析。 选定…

    2020年1月1日 0 1.1K
  • 生物信息学(生信分析)常见数据库与在线工具汇总

    数据库的挖掘能够提供科研思路,少走弯路,加速课题进展。对于不会编程的科研人员来说,点点鼠标就可以进行数据库挖掘与在线分析可以说是一股暖流。闲话不多说,上干货。      一. 高通量测序分析与可视化数据库 NCBI的GEO数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds)。包含各种高通量测序的原始数据以及处理后数据。原始数据的分析需要…

    2019年12月27日 2 3.1K
  • 文献解读:零代码单基因免疫浸润生信分析

    怎样才能不做实验,不用R语言,还能发3分+SCI? 今天介绍几个可以用得上的数据库,只利用数据库中的数据进行分析,甚至不用R,利用在线分析工具,敲敲电脑就能解决急需发文章,没时间做实验,没有科研经费的问题。 提供一篇范文来手把手教你做单基因免疫浸润生信分析: Layilin(LAYN)是调节T细胞功能的关键基因。然而,LAYN与不同癌症中预后和肿瘤浸润淋巴细…

    2019年11月20日 2 3.4K
  • 文献解读:单基因对多肿瘤免疫浸润思路讲解

    LAYN——与胃癌和结肠癌免疫浸润相关的预后基因文献解读 一、背景 Laylin(LAYN)是调节T细胞功能的关键基因。然而,LAYN与不同癌症预后及肿瘤浸润淋巴细胞的关系尚不清楚。 Layilin是一种与C型凝集素同源的55-kDa跨膜蛋白,在许多细胞和组织中均有表达。此外,LAYN蛋白可以作为透明质酸(HA)的表面受体。因此,LAYN在细胞粘附、运动、细…

    2019年11月20日 0 3.0K
  • GEPIA 2.0:看看都有什么新东西吧

    今天打开GEPIA的时候突然发现页面右上角多了一个GEPIA2(test),GEPIA更新啦?作为一个重度爱好者,当然要点开来看看。直接点击此处可直到到达:http://162.105.60.246/demo_GEPIA2/about.html。可以看到GEPIA2网址还不是域名,也显示是demo版本,大概还在实验室的服务器上孵化着。 从标签页比较可以直接发…

    2019年4月13日 0 966
  • GEPIA——不用代码,点点鼠标就能进行分析TCGA数据

    随着公共数据库的建立和开放,越来越多的研究者可以接触到测序数据,非常适合我们这种“三无”研究者(无课题,无经费,无文章)运用公共数据找点事情干,可以是另辟蹊径从某个独特的视角重新分析已有的数据发发文章,也可以在没钱做测序的情况下看看自己研究的基因在别人的数据里是什么样子,积攒一些研究基础。不过想玩转生信大数据,面前总是隔着一座计算机编程的高山,门槛太高让众多…

    2019年4月13日 0 1.2K