GEO

  • WGCNA四分文章套路视频(TCGA和GEO数据库联合共表达分析)生信自学网 免费下载

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    2020年7月2日 35 1.6K
  • GEO数据库可能遇到的问题总结

    GEO数据库里面的数据种类比较多,经常我们用的这个数据集和其他数据集有区别,所以就导致碰到这种这样的问题。后台经常收到大家的疑问,今天统一做一个交流吧。 1、这个数据集为什么没有GEO2R分析工具? 有时候我们在找到数据集,然后看了分组之后,觉得这个数据和我们想要的挺符合的。想分析的时候,发现没有GEO2R这个工具。 例如下面这个:   这个就涉及…

    2020年4月16日 0 1.5K
  • GEO数据库单基因文章套路视频(GEO生存分析)免费下载

    课程目录:生信自学网出品,GEO数据库单基因文章套路简介,软件准备,GEO数据下载,GEO数据注释,数据矫正,表达数据和生存数据合并,生存分析过滤,独立预后分析,临床相关性过滤,选择基因,生存分析,独立预后分析,临床相关性分析,差异分析,symbol转换成id,GO富集分析,KEGG富集分析,相关性分析,PPI网络构建,cytoscape输入文件准备,子网络…

    2020年3月20日 31 3.2K
  • 文献解读:TCGA作测试集 GEO作验证集的免疫分子分型

    今天分享的是发表于老牌杂志ONCOIMMUNOLOGY的一篇文章,该杂志影响因子5.3,中科院分区一区。文章标题为Two immune-enhanced molecular subtypes differ in inflammation, checkpoint signaling and outcome of advanced head and neck s…

    2019年12月27日 0 1.7K
  • 生物信息学(生信分析)常见数据库与在线工具汇总

    数据库的挖掘能够提供科研思路,少走弯路,加速课题进展。对于不会编程的科研人员来说,点点鼠标就可以进行数据库挖掘与在线分析可以说是一股暖流。闲话不多说,上干货。      一. 高通量测序分析与可视化数据库 NCBI的GEO数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds)。包含各种高通量测序的原始数据以及处理后数据。原始数据的分析需要…

    2019年12月27日 2 3.0K
  • 文献解读:GEO联合TCGA生信分析肺癌预后标志物

    摘要 目前的分期系统对早期非小细胞肺癌(NSCLC)的预后预测不准确。这项研究的目的是为早期NSCLC制定一个可靠的预后标志,以便对预后不良的高风险患者进行分类,并做出具体的治疗决定。 研究结果   图1 图1:学习流程图。OS,总体存活率。 图2 图2:四个数据集中早期非小细胞肺癌患者的风险评分分析。在每个数据集中,都会显示风险得分分布、基因表达…

    2019年12月26日 0 827
  • 通过G-DOC与LOGpc数据库来寻找GEO数据

    今天给大家介绍的是——大家心心念念的整理归纳了GEO临床数据的网站乔治敦癌症数据库(G-DOC),网址: https://gdoc.georgetown.edu/gdoc/ G-DOC是一个精准医学平台,其中包含来自一万多个患者和细胞系的分子和临床数据,以及用于分析和数据可视化的工具。该平台可对多种数据类型进行综合分析,以了解疾病机理。现在小编开始教大家如何…

    2019年11月18日 0 1.2K
  • 画图专题:热图pheatmap()函数

    先看一眼这个函数的参数,这么多! 而且最后还有省略号! 那么我们应该怎么合理使用这些参数让你的热图看起来更加高大上呢? 数据准备: 此次例子,我们选择了一套GEO数据库的肺癌数据,数据编号为GSE19804,120个样本,其中包含60个癌症样本和60个癌旁正常样本,前面我们使用t检验,并对p值进行BH校正,筛选fdr小于0.01的基因中前40个在癌症相对于正…

    2019年11月1日 0 766
  • 文献解读:单基因无编程无实验纯生信分析发文思路(套路)

    近年来生物信息学发展如火如荼,有不少文章都是通过挖掘数据库中的公开资源从而发表的。应用比较广泛的一种数据挖掘套路就是从数据库中选择数据集,分析癌症和非癌症组的基因表达水平,找出在癌症组中显著性高表达或低表达的基因。进而对这些差异表达基因进行包括GO和KEGG的生物功能分析。最后,通过构建蛋白互作网络(PPI)筛选出疾病中最为重要的几个枢纽基因。如果后续有条件…

    2019年10月30日 1 2.1K
  • 文献解读:5.7分的单基因对单肿瘤的生信文章的思路(套路)

    祖国母亲70周年华诞,有7天小假期,为了让您过得更加的充实,特为您奉上一门2个小时的学习课程。课程主要是重现一篇5.7分的生信文章《Correlation of alteration of HLA-F expression and clinical characterization in 593 brain glioma samples》,同时指导您举一反三…

    2019年10月27日 1 1.9K