DAVID

  • DAVID跟R包注释的差异浅析

    一直听说Functional Annotation Tool DAVID Bioinformatics Resources 6.8, NIAID/NIH    是可以做GO/KEGG数据库注释的,只需要用户上传自己拿的的基因集就可以,大大的方便了生物学家对数据库的使用。 因为自己都是在R语言里面批量做,所以没有机会使用DAVID。最近反馈结果给合作的博士后才…

    2020年1月3日 1 268
  • Gene ID的转换工具(DAVID与Absolute Gene ID Conversion Tools)

    人可能会有许多名字,比如曾用名、小名、昵称、外号等等,基因也一样,基因ID就相当于人的名字,目前存在着大量的生物信息数据库,每个数据库都有自己定义的ID命名规则,所以一个会出现N个ID。但是基因的ID就没有人的名字看上去那么直观,它们只是冰冷的代号而已。举个p53的栗子,P53 =TP53= BCC7 =ENSG00000141510 =OTTHUMG000…

    2019年12月30日 0 326
  • 如何通过DAVID数据库来进行GO分析

    DAVID数据库是做GO分析常用的数据库,DAVID官网给出了2003-2017年该数据库的引用情况,引用量每年都呈增长之势,并且近年来引用量非常可观,这或许是二代测序技术的突飞猛进带来的流量吧。Whatever,这个数据库依然是权威并获得广泛认可的的数据库。 好了,言归正传,我们如何通过这个数据库来进行GO分析呢。首先,我们要有原材料,就是需要分析的差异基…

    2019年12月30日 0 243
  • 中药网络药理学研究的数据库、在线平台与软件工具总结

    网络药理学是基于系统生物学的理论,用生物信息学和网络分析方法对生物系统进行分析,从系统水平研究药物作用机制、进行多靶点药物分子设计的新兴交叉学科。中药网络药理学从系统的角度和分子水平研究中药方剂的治疗机理。多年来,相关领域的研究开发了许多数据库和工具,对中药网络药理学的研究具有重要意义。本文介绍一篇综述: Jing Zhao, Jian Yang, Sais…

    2019年12月16日 0 458
  • 通路富集分析中WebGestalt完美代替DAVID

    被吐槽的 DAVID 通路富集分析是做芯片测序后得到大量基因后的常规方式,不得不承认当下用的最多的仍然是 DAVID(https://david.ncifcrf.gov/home.jsp )。 尽管它被吐槽了数据一直不更新,比如 2016年 Nature methods上就发文吐槽过,当然不是针对 DAVID而已,但是它的问题确实是很突出,具体大家可以看下下…

    2019年5月31日 0 3.27K

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