Cytoscape

  • 文献解读:cytoscape进行模块和hub基因的筛选

    今天分享一篇2019年12月发表于Aging-us的文章,标题是Screening, identification and validation of CCND1 and PECAM1/CD31 for predicting prognosis in renal cell carcinoma patients,影响因子为5.515;文章采用GSE数据集进行差…

    2020年2月24日 0 32
  • cytoscape的cytohubba及MCODE插件寻找子网络hub基因

    刚刚接触cytoscape,应该怎么学习呢?感觉这个软件参数贼多,还是英文,一看就头大,怎么入手呢?JOJO表示不慌,下面是一些JOJO熟悉cytoscape的思路,可供参考。 首先,找个模板操作操作,就是软件安装后的自带的示例数据: 模板探索: 1.打开cytoscape,看到sample sessions,一看箭头所指网络图可以说非常符合直男审美了,打开…

    2020年2月13日 0 135
  • 详细讲解如何使用Cytoscape

    今天还是讲Cytoscape,虽然已经写了很多相关的文章,但是依然有童鞋在问哪里可以下载Cytoscape这样没有营养的问题,这让本宫无比无比的痛心!!! 所以今天本宫会很详细、非常详细、巨详细、史无前例地详细、前无古人,后无来者地详细讲解如何使用Cytoscape。 Cytoscape是用于可视化网络数据的一个非常强大的工具,比如说表现一组基因间的相互关系…

    2019年12月22日 0 239
  • Cytoscape的使用:BiNGO与KeyPathwayMiner

    上一次的文章中详细介绍了Cytoscape的使用,留了一个尾巴,是关于APP的,上次只讲了一个Agilent Literature Search,再之前介绍的APP请看副本吧。今天再介绍两个,一个是BiNGO,一个是KeyPathwayMiner。 先看BiNGO,怎么下载就不说了。这是一个GO分析的工具。 Cluster name随便输一个,Gene li…

    2019年12月21日 0 268
  • 中药网络药理学研究的数据库、在线平台与软件工具总结

    网络药理学是基于系统生物学的理论,用生物信息学和网络分析方法对生物系统进行分析,从系统水平研究药物作用机制、进行多靶点药物分子设计的新兴交叉学科。中药网络药理学从系统的角度和分子水平研究中药方剂的治疗机理。多年来,相关领域的研究开发了许多数据库和工具,对中药网络药理学的研究具有重要意义。本文介绍一篇综述: Jing Zhao, Jian Yang, Sais…

    2019年12月16日 0 457
  • Cytoscape插件DyNetViewer构建分析动态的网络图

    在很多研究领域,时间和药物剂量是非常重要的参数,而我们通常构建的调控网络图是静态的,无法准确反映出基因调控网络随着时间或剂量而产生的变化,而能将上述变化阐述清楚的往往也是很牛的研究。   那有没有萌新就能上手的分析工具呢?答案是有!今天给大家介绍一个Cytoscape的插件DyNetViewer   这个插件可以用于构建分析动态的网络图,…

    2019年12月4日 0 325
  • 利用Cytoscape作图提升生信文章档次

    大家好,万众期待的怪阿姨开脑洞时间又到了。 今天给大家带来的是Cytoscape作图,Cytoscape的用法先前依凡大大已经作了介绍!   现在进入正题,开启脑洞作图模式。   做完microRNA芯片测序之后预测microRNA的靶基因,筛选重要的靶基因进行验证是研究中的常见套路,做出结果后写到文章Result里大致如下。 如果我是审…

    2019年8月10日 0 501
  • Cytoscape与生信数据挖掘(sci狂人)免费下载

    适用人群 临床医生、研究生、生物信息学研究人员、数据挖掘爱好者。 课程概述 前言 如果你不会用R做GO、Pathway富集分析等,而且你又想画出漂亮的图形,那就选择这门课程。 课程内容: 系统地讲解如何利用Cytoscape处理生信数据挖掘。 课程大纲: 1_课程介绍 2_Cytoscape的下载与安装 3_构建蛋白互作网络 4_GO富集分析(一) 5_GO…

    2019年7月20日 1 811
  • 使用STRING网站和Cytoscape软件制作蛋白互作网络图(PPI)

    之前小编为大家推送了利用DAVID网站进行差异基因的GO和KEGG分析,而基因功能注释后就可以寻找蛋白表达之间的关系了,在生信分析中,常常会使用STRING网站+Cytoscape软件来制作蛋白互作网络图(PPI)。今天小编奉上一部PPI制作教程,让我们一起细细咀嚼吧! 首先我们进入STRING网站的官网(网址为https://string-db.org/)…

    2019年5月24日 0 2.69K

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