circlize

  • 利用circlize推断出不同类型细胞间的互作关系

    背景介绍   这张图来自于一篇对胎盘母胎界面的细胞互作研究[1],这篇文献筛选出了所有细胞表达的配体和受体,利用现有的数据库找到配体-受体对,用箭头将这些细胞表达对应的配体-受体对连接起来,从而推断出不同类型细胞间的互作关系。 从外至内的第二圈7个色块展示的是细胞类型,最外圈展示它们所表达的配体和受体,红绿色块表示该基因的表达水平,黑色箭头表示母胎…

    2019年5月11日 0 647
  • 利用circlize包画出漂亮的和弦图(二)

    小伙伴们,大家好,今天我们开启R语言绘制弦图的第二章,还记得我们上节课的弦图长什么样吗? 当然不能忘记弦图绘制神包—circlize 安装circlize包,安装包直接用install函数即可,安装好之后,需要加载,利用library函数即可,这里就不在重复叙述。 1 数据生成 这里我们同样使用上期的数据集,如下: 2 画出关系边界框 什么是边界框?我们看下…

    2019年4月5日 0 667
  • 利用circlize包画出漂亮的和弦图(一)

    小粉丝们,大家好,今天我们开启R语言绘图的旅程,第一站我们看一下,今天要绘制的图长什么样?如下两张图: 看到这种图,有没有眼前一亮呢?这种图是通过链接对对象之间的关系进行圆形可视化。这种图的名字叫做弦图。在circlize中,很容易以一种直接的或高度定制的方式绘制弦图。弦图从4个层次显示了关系的信息。1. 链接直接显示对象之间的关系;2. 链接的宽度与关系的…

    2019年4月5日 0 776

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