cBioportal

  • cbioPortal:TCGA多组学联合分析数据库

    之前我们在介绍GEPIA的时候,说这个数据库只能用于TCGA表达数据的一些分析。但是对于TCGA数据而言,里面包括相同样本的表达、突变、拷贝数、甲基化以及临床信息等数据,所以我们其实可以利用TCGA数据库来进行多组学之间的交叉分析。今天我们就介绍一个TCGA多组学分析的经典数据库:cbioPortal(https://www.cbioportal.org/)…

    2020年5月18日 0 680
  • 文献解读:零代码复现一篇单基因5分生信分析文章

    各位科研芝士的朋友,今天继续和大家分享一篇Aging的文章,这篇文章不再是讲signature了,作者在题目中就告诉大家本篇的重要研究分子-RBM8A,不再是茫茫人海遇知己,而是已经知道知己,开始编写该分子的浪漫爱情故事。整篇文章丝毫不涉及到编程,几乎全部是点点鼠标便能实现的操作。 一 点名研究的RBM8A分子重要性 第一步作者便开始向大家推销自己的研究对象…

    2020年2月29日 0 1.4K
  • 生物信息学(生信分析)常见数据库与在线工具汇总

    数据库的挖掘能够提供科研思路,少走弯路,加速课题进展。对于不会编程的科研人员来说,点点鼠标就可以进行数据库挖掘与在线分析可以说是一股暖流。闲话不多说,上干货。      一. 高通量测序分析与可视化数据库 NCBI的GEO数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds)。包含各种高通量测序的原始数据以及处理后数据。原始数据的分析需要…

    2019年12月27日 2 3.1K
  • 手把手学习TCGA数据库:SNP突变分析第四期

    各位科研芝士的朋友,大家好,又见面了,今天我们的主题是利用cBioportal及UCSC-XENA数据库在线下载TCGA_SNP数据 第一部分 cBioportal数据库 这是一个专业分析TCGA数据的网站,相信很多肿瘤研究方向的老师同学都不陌生。网站在TCGA数据可视化中做的很不错,可以直观的看到数据以图和表的方式呈现,帮助大家更好使用TCGA这个资源丰富…

    2019年6月23日 0 1.0K
  • 零代码TCGA数据库下载第三期:cBioPortal网页

    一入江湖终不悔,奈何高人这么多。各位sci666的朋友,大家好,又见面了,今天我们继续分享关于TCGA数据下载的专题,前面我们分别介绍了基于TCGA官网下载RNAseq数据,基于UCSC-XENA下载TCGA的RNAseq数据。 这次我们继续给大家推荐轻轻点击鼠标下载TCGA的网页版工具—-cBioportal工具,这是一个专业分析TCGA数据的…

    2019年4月11日 0 1.7K
  • TCGA数据挖掘之cBioportal网站——无需代码、免费使用的TCGA子数据库

      要问分析TCGA数据库大家最讨厌什么?就小编而言,当初学习TCGA数据库时候最讨厌用R软件分析时候代码的报错!这个问题估计是相当苦恼的,今天,小编将为大家介绍一个无需代码,并且免费使用的TCGA子数据库——cBioportal网站。毋庸置疑,这是一个科研汪们集万千宠爱的网站。 首先,我们进入网站了解一下。官网网址为http://www.cbioporta…

    2019年2月20日 0 2.5K