甲基化

  • 基于四个甲基化mRNA标记物的风险评分系统预测肝细胞癌患者的生存

    小编今早阅读文献时偶遇一篇刚发表在aging杂志上的纯数据挖掘文章 题目 A four-methylated mRNA signature-based risk  score system  predicts survival in  patients with  hepatocellular  carcinoma 。   接着我们就聊聊这篇文章干…

    2019年8月25日 0 515
  • 文献解读:如何用TCGA数据库DNA甲基化芯片发5分文章?

    各位科研芝士的朋友好,我们今天解读一篇利用TCGA数据库中的DNA甲基化芯片分析的文章。此文18年发表在CLINICAL EPIGENETICS 杂志上,最新影响因子5.49分 一 下载DNA甲基化的数据 首先作者下载了TCGA数据库中(level 3)的DNA甲基化的数据,不过他下载的是Human Methylation27 BeadChip,就是27k的…

    2019年8月12日 0 919
  • 通过MethSurv在线工具进行TCGA甲基化分析

    谈起TCGA分析工具,我知道你肯定要说什么 GEPIA,cbioportal……, 但是 TCGA甲基化呢?这些碉堡的神器瞬间就黯然失色了吧,数风流神器,还看白介素同学推荐,首先来看下今天要分享的神器有哪些NB功能吧: TCGA甲基化神器网址:https://biit.cs.ut.ee/methsurv/ 感兴趣的基因甲基化位点与预后…

    2019年8月12日 0 1.0K
  • 通过MSP法做甲基化检测

    MSP法的原理是基于DNA经亚硫酸氢钠处理后,所有未甲基化的胞嘧啶发生脱氨基变为尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶则不变。 基于这种碱基的改变,然后根据甲基化位点设计针对甲基化和非甲基化序列的引物并进行聚合酶链反应(PCR)扩增,最后通过琼脂糖凝胶电泳分析,确定与引物互补的DNA序列的甲基化状态。 一、实验原理MSP法适于研究中大量样本的DNA片段,具有方便快捷,灵敏…

    2019年7月20日 0 683
  • maplab——挖掘基因表达与甲基化的神器库

    欢迎回来,白介素同学发现一个挖掘基因表达与甲基化的神器库,分享给大家: 假如我们对某个肿瘤中的某个基因甲基化情况比较感兴趣,如何优雅地用神器来解决这个问题呢? 首先来看看神器长啥样?界面干净清爽,知道大家也喜欢简约。 接下来,开始秀操作了,假如咱们对CCL5这个基因感兴趣,随便分析个肿瘤吧,只要在输入框中输入感兴趣的基因,选择感兴趣的肿瘤,下面展示一系列的图…

    2019年6月1日 0 860
  • lncRNA↔DNA甲基化研究工具——Lnc2Meth

    怎么?最近还在为课题设计烦恼?lncRNA的分子机制令人眼花缭乱,想从转录水平研究lncRNA分子机制?不妨试试lncRNA和DNA甲基化的思路,这类研究主要依赖于MCIp,ChIRP以及ChIP技术,但是别人已经替咱们做过seq和array了,咱们不用花一分钱就能用。 顺手给大家推荐一个贼好用的甲基化数据库,点点鼠标就能做lncRNA课题设计! (1)18…

    2019年5月30日 0 1.1K
  • 常用的RNA甲基化研究常用的数据库——RMBase v2.0、m6AVar

    这一期咱们讲讲科研热点:RNA甲基化(m6A)。 是不是想让自己的课题往热点上蹭?m6A是一大热点,文章质量都很不错,但前提是要知道自己所研究的RNA有没有m6A修饰位点呢?师兄介绍两个新鲜刚出炉的m6A位点预测数据库,让你不做实验就能心中有数。 2018国自然RNA甲基化项目: 国自然命中率如此高的热点,是不是很想知道RNA甲基化研究常用的数据库,现在一起…

    2019年5月30日 0 2.3K
  • 文献精读-成神经管细胞瘤亚型的全基因组landscape

      2017年发表在nature上的一篇文章The whole-genome landscape of medulloblastoma subtypes 前言 成神经管细胞瘤是多发于儿童大脑的恶性肿瘤,有WNT,SHH,Group3,Group4四个亚型。WNT和SHH是突变驱动的,导致Wingless, Sonic hedgehog通路的激活。而…

    2019年4月10日 0 291
  • 利用R语言分析GEO数据库甲基化芯片的方法

    小伙伴们,上次为大家解读了一篇GEO甲基化芯片相关的SCI文献,详情点击:GEO数据库甲基化芯片挖掘发SCI是怎样炼成的,今天,小编打算带领大家用R软件实例操作分析GEO甲基化芯片。作为目前最大的芯片数据库,GEO数据库提供给我们了海量的数据,但是,错综复杂的数据交织在一起,如何选择数据是摆在我们面前最重要的问题,读完今天这篇文章,我相信大家都能学会GEO甲…

    2019年4月2日 0 785
  • MethSurv——一个优秀的TCGA甲基化分析工具

    谈起TCGA分析工具,我知道你肯定要说什么 GEPIA,cbioportal……, 但是 TCGA甲基化呢? 这些碉堡的神器瞬间就黯然失色了吧,数风流神器,还看白介素同学推荐,首先来看下今天要分享的神器有哪些NB功能吧: MethSurv网页地址:https://biit.cs.ut.ee/methsurv/ 感兴趣的基因甲基化位点与…

    2019年4月2日 0 1.2K