热图

  • 高分顶级期刊生信分析文章中的热图应该怎么画

    关于热图Heatmap,大家应该比较熟悉了,我们平时比较常见的是这个样子的: 稍微好看一点的这样:   今天我们来看一些高分文章中的热图。   1来源:Proteomics identifies new therapeutic targets of early-stage hepatocellular carcinoma.Nature. …

    2019年11月3日 0 906
  • 画图专题:热图pheatmap()函数

    先看一眼这个函数的参数,这么多! 而且最后还有省略号! 那么我们应该怎么合理使用这些参数让你的热图看起来更加高大上呢? 数据准备: 此次例子,我们选择了一套GEO数据库的肺癌数据,数据编号为GSE19804,120个样本,其中包含60个癌症样本和60个癌旁正常样本,前面我们使用t检验,并对p值进行BH校正,筛选fdr小于0.01的基因中前40个在癌症相对于正…

    2019年11月1日 0 812
  • 利用R语言的pheatmap包制作热图的简单小例子

    热图(heatmap)用不同的颜色和颜色的深浅来直观的展示数据之间的差异。在测序类的文章里,几乎必有一幅热图用来展示差异表达基因。很多工具都可以完成热图的制作,今天这篇文章主要介绍利用R语言的 pheatmap包制作热图的简单小例子。pheatmap是R语言中专门用来制作热图的工具包。首先我们需要安装R和Rstudio。接下来就是安装pheatmap包了。 …

    2019年10月21日 0 1.4K
  • 通过MeV(Multiple Experiment Viewer)绘制聚类热图

    聚类热图是我们展示芯片、或者测序结果比较常用的方式,在文章中出现的频率非常高,一般来说,这张图的每行对应一个基因,每列对应一个样本,行和列形成的是基因数*样本数的表格,接下来用不同的颜色代表基因在样本中的表达量。颜色的设置有很多种,一般常见的是上图中的红绿搭配,还有蓝黄、彩虹色等等。 在前面的文章中,依凡和怪阿姨分别为我们介绍了如何使用R语言和网页版Heat…

    2019年8月15日 0 3.0K
  • 使用DiseaseMeth 2.0进行甲基化分析

    DNA甲基化,对于做科研的小伙伴们或多或少不陌生吧,而R语言复杂的代码加上报错也常常让小伙伴们怒砸键盘不已!今天,小编给大家分享一个神器,让你轻松搞定甲基化数据分析。当然,如果有小伙伴对甲基化概念不甚了解,可动动手去文末查看! 网址:http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/diseasemeth/ 首先,还是上主页的图~依次有检索、分…

    2019年5月20日 0 941
  • 零代码画热图——ClustVis

    一  前言 在生信的分析学习过程中,对结果的可视化是非常重要的,在很多生信文章常见体现聚类等差异的就是热图,PCA等图。 但是在画图之前,我们需要知道:什么是热图,什么是PCA分析图?我们这么做的目的是什么?那么画热图和PCA分析图的意义和目的是什么呢?   二  热图 在组学分析的生信文章中,常常可以见到热图。非常吸引读者的眼球,好看的热图可以为…

    2019年3月12日 0 1.7K
  • 文献解读:利用12例结直肠癌患者数据发表Science

    文献精读(当单细胞测序碰撞多组学分析):Single-cell multiomics sequencing and analyses of human colorectal cancer 之前我们讲解过一篇在肺癌中联合基因组、表观组和转绿组进行数据分析的文献。今天介绍的这一篇是18年11月30日汤富酬教授联合付卫教授、乔杰院士发表在《Science》杂志上的…

    2019年3月10日 0 965