手把手学习TCGA数据库

  • 手把手学习TCGA数据库:SNP突变分析第六期

    各位科研芝士的朋友,大家好,兜兜转转,我们已经陆续推出snp数据各种姿势下载,数据下载不是目的,下载的数据可以分析才是目的。 那么我们今天就带着大家解锁下载的snp数据如何处理。既然是处理maf格式的文件,那我们今天的主角便是maftools工具。 maftools也是目前处理snp数据用的最多的一个包。maftools提供了直接读取maf文件的接口,而且存…

    2019年7月19日 0 879
  • 手把手学习TCGA数据库:SNP突变分析第五期

    各位科研芝士的朋友,大家好,TCGA_SNP的下载我们已经连续分享了4个帖子,分别是官网直接下载,Tcgabiolinks下载、UCSC-XENA下载以及cBioportal工具下载,今天我们分享SNP数据下载的最后一讲Fire Browse工具。 Fire Browse(http://firebrowse.org/) 这是由 Broad研究所开发的用于TC…

    2019年7月19日 0 618
  • 手把手学习TCGA数据库:SNP突变分析第四期

    各位科研芝士的朋友,大家好,又见面了,今天我们的主题是利用cBioportal及UCSC-XENA数据库在线下载TCGA_SNP数据 第一部分 cBioportal数据库 这是一个专业分析TCGA数据的网站,相信很多肿瘤研究方向的老师同学都不陌生。网站在TCGA数据可视化中做的很不错,可以直观的看到数据以图和表的方式呈现,帮助大家更好使用TCGA这个资源丰富…

    2019年6月23日 0 421
  • 手把手学习TCGA数据库:SNP突变分析第一期

    SNP(single nucleotide polymorphism),单核苷酸多态性,在基因组上由单个核苷酸变异形成的遗传标记,一般指变异频率大于1%的单核苷酸变异。 用英文的描述方法是这样的“If more than 1% of a population does not carry the same nucleotide at a specific p…

    2019年6月13日 0 541
  • 手把手学习TCGA数据库:SNP突变分析第二期

    各位芝士的朋友好,今天我们继续聊我们的SNP话题,前面两讲我们分享了SNP发生的位置,发生的类型以及SNP的命名,并且特意提到了SNP的两个数据库,今天我们来学习一下这两个数据库的使用。 dbSNP  dbSNP 全称为The Single Nucleotide Polymorphism Database,即单核苷酸多态性数据库,意思是“DNA序列中的单一碱…

    2019年6月13日 0 708
  • 手把手学习TCGA数据库:SNP突变分析第三期

    各位科研芝士的朋友好,前两期我们讲解了SNP的基础知识和数据库使用,今天我们继续聊SNP数据的下载 TCGA网址亮出:https://portal.gdc.cancer.gov/  我们点击Repository,进入下面的界面: 接着我们点击case,选择我们需要研究的癌症,比如喉癌Larynx 同时,我们可以在右侧方框看到我们每次点击的内容,记录了我们挑选…

    2019年6月13日 0 937

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