统计与绘图

  • 无代码绘制常见的KEGG直方图和气泡图

    如今,要想发表一篇SCI论文,基本都得对研究的分子机制进行解释。信号通路,在解释机制机理中必不可少。但是,如解释清楚一条信号通路非常复杂。KEGG通路分析,可以帮助我们很好地整理清楚病理分子如何发挥作用。所以,呈现一个实用且美观KEGG结果,在生信文章和高通量技术的文章中,是发表论文的加分项。这里,小编主要介绍常见的KEGG图有哪些?以及如何高效地绘制常见的…

    2020年8月4日 0 33
  • 竞争风险模型应该如何分析?

    1 背景 在观察某一事件是否发生时,如果该事件受到其他事件的阻碍,在这种所谓的竞争风险研究中可能会有多个结果事件,有些结果会阻止感兴趣的事件发生或影响其发生的概率。所有形成竞争关系的结果事件,互为竞争的风险事件。   例如,有研究人员收集了本市2007年诊断为轻度认知障碍(MCI)的518例老年患者的临床资料,包括基本人口学特征、生活方式、体检、疾病信息等,…

    2020年7月25日 0 130
  • R语言统计与绘图:ggplot2图形组合布局

    在科研论文中,有时我们需要绘制几张图形,并将这几张图形整合到一张大图上面。 前面我们学习了基础绘图包怎么组合布局图形,今天来学习两个新函数,看ggplot2绘制的图形怎么组合。 ggplot2组合图形布局可以使用Rmisc包的multiplot()函数,也可以使用ggpubr包的ggarrange()函数。 1. 安装和加载包 install.package…

    2020年7月25日 0 121
  • R语言统计与绘图:给组合图形添加ABCD小标签

    前面我们学习了ggplot2中组合图形的绘制,在科研论文中,组合图形每张子图通常需要加上ABCD等标签,如下图所示。 这种ABCD标签既可以在PS或者AI中添加,也可以在R中直接添加。 今天我们来学习组合图形中怎么添加ABCD标签。 组合图形的标签添加可以使用ggpubr包的ggarrange()函数或annotate_figure()函数。 1. 安装和加…

    2020年7月25日 0 117
  • 基于R语言的竞争风险模型的列线图

    背景 将竞争风险模型的cmprsk包加载到R中,使用cuminc()函数和crr()函数可以进行考虑竞争风险事件生存数据的单变量分析和多变量分析。以往推文我们已经详细描述了基于R语言的实现方法,这里不再赘述。那么,您如何看待竞争风险模型呢?如何绘制竞争风险模型的列线图?在这里,我们演示如何绘制基于R的列线图。 案例分析  案例1   此案例数据的下载地址是:…

    2020年7月23日 0 194
  • R语言绘图:棒棒糖图和哑铃图

    棒棒糖图( lollipop chart):棒棒糖图传达了与柱形图或者条形图相同的信息,只是将矩形转变成线条,这样可减少展示空间,重点放在数据点上,从而看起来更加简洁、美观。相对柱形图与条形图,棒棒糖图更加适合数据量比较多的情况 哑铃图( dumbbell plot):可以看成多数据系列的点图,只是使用直线连接了两个数据系列的数据点。哑铃图主要用于: ①展示…

    2020年7月23日 0 150
  • R语言统计与绘图:绘制散点图

    散点图可用来描述两个连续型变量间的关系,是我们最常用的图形工具之一。此外,许多其他图形类型只是基本散点图的变体。 今天来学习散点图的绘制。 目  录 1. 加载数据集 2. 绘制简单散点图 2.1 绘制部分散点 2.2 绘制全部散点 3. 自定义参数 3.1 添加网格线 3.2 添加回归线 4. 商业化散点图 4.1 asTheEconomist()函数 4…

    2020年7月23日 0 123
  • R语言统计与绘图:绘制带边际图的散点图

    前些天在公众号后台,有读者留言,问下面这张图怎么绘制。 恰好我最近在学习散点图,学习到了这张图,今天我们就来学习带边际图的散点图的绘制。 这张图可以使用ggpubr包的ggscatterhist()函数绘制。 目  录 1. 加载数据集 2. 绘制图形 2.1 绘制简单图形 2.2 边际图为直方图 2.3 添加参考线 2.4 添加回归线 2.5 向模型添加系…

    2020年7月23日 0 82
  • R语言统计与绘图:组合图形布局

    R语言主要有两大功能,除了统计分析外,R数据可视化也是及其重要的。 在R中绘图时,大多时候是绘制一张图形,但是有时也需绘制多张图形,并且是多张图形的相互组合,在绘制好后在需要输出组合图形。 今天介绍下R中基础绘图包的图形布局。 1. 绘图设备 绘图设备种类取决于操作系统,在Unix/Linux下,绘图窗口称为x11,Windows下称为windows。 可以…

    2020年7月23日 0 87
  • 使用Origin做热图教程

    介绍 热图是作为生信中一种常用的数据表现方法,可以简单地聚合大量数据,同时会使用一种相对应的渐变的颜色条带来展示数据。这种方法可以很直观地展现空间数据的疏密程度或频率高低,但由于太直观了,所以热图在数据表现的准确性并不能保证,也就是体现出来一个大概程度。一般情况下的使用场景是展示各种基因或者是RNA在不同的样本中的表达量,然后从整体来观察其表达模式。 图文教…

    2020年7月16日 0 125