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工具介绍

利用chembiodraw制作结构图-sci666

利用chembiodraw制作结构图

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读文献的时候看到人家的结构画那么漂亮,是不是特别羡慕啊。别羡慕了,笔者今天就教教你怎么画出“色色”的结构。 图片来源:DOI: 10.1021/acs.biochem.8b00200   我检索了一下,网上很多人在问,有颜色的漂亮...

利用pheatmap包画一张漂亮的热图-sci666

利用pheatmap包画一张漂亮的热图

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今天给大家介绍一款比较好用的画聚类图的R包–pheatmap,全称pretty heatmaps,漂亮的热图,所以取“漂亮的热图”这个标题不是小编膨胀了,人就叫这名儿。 安装方式 install.packages(pheatma...

g:profiler一个好用的科研神器包-sci666

g:profiler一个好用的科研神器包

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有段时间没有跟大家分享科研神器了,闲下来浏览一下白介素同学的科研神器库藏(对,你没看错,就是库藏),发现一个好用的很科研神器库,分享给大家。 先来看看张啥样?芳名g:profiler   界面比较干净清爽,主要功能也讲的比较清楚,一目了然,...

Count——基因组进化分析软件-sci666

Count——基因组进化分析软件

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基因的翻转率(Gene turnover rates)以及基因家族大小的进化(Evolution of gene family sizes)是基因组进化分析中两个重要的模块。今天要介绍的这款基因组进化分析软件Count,功能强大,操作简便,...

利用PTMD数据库研究蛋白翻译后修饰(PTM)与疾病-sci666

利用PTMD数据库研究蛋白翻译后修饰(PTM)与疾病

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我们知道各种翻译后修饰(PTM)通过调节蛋白质功能来参与许多生物学过程, 并且PTM的异常经常与人类疾病有关系。在很多研究中我们都要用到与疾病相关的PTM,下面我们来介绍一个数据库,帮助我们快速获取与人类疾病相关的翻译后修饰—P...

lnCAR——帮助挖掘与分析lncRNA-sci666

lnCAR——帮助挖掘与分析lncRNA

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两三年前,lncRNA还是科研圈里的宠儿,基金文章如星火燎原之势。这一两年虽然说被m6A和单细胞抢了风头,但从pubmed检索到的文章来看其实依然保持着不断上升的趋势!2017年2916篇,2018年4151篇,2019年已经有4764篇了...

通过Uniprot数据库获取蛋白序列并进行序列比对-sci666

通过Uniprot数据库获取蛋白序列并进行序列比对

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很多情况下,我们为了研究一个蛋白的重要性,需要查看这个蛋白在多个物种,以及与这个蛋白家族中其它蛋白的相似性,并构建进化树。今天我们就来说一下具体的方法,先介绍蛋白序列的获取和序列比对。   以Sox家族的蛋白为例,我们首先通过Un...

利用GEDS研究基因、miRNA和蛋白的表达-sci666

利用GEDS研究基因、miRNA和蛋白的表达

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做实验时检测基因、miRNA和蛋白的表达水平是科研党们的日常。做实验前先查查数据库,看看这个基因、miRNA或蛋白的表达,可以帮助我们少走弯路。查看基因表达的工具有一些,我们公众号也给大家介绍过,如GEPIA,但是miRNA和蛋白表达的数据...

利用BBCancer挖掘血液中的新肿瘤标志物(Biomarker)-sci666

利用BBCancer挖掘血液中的新肿瘤标志物(Biomarker)

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在医院抽血检查辅助诊断疾病时,每个指标都有自己的意义。也有很多指标是用来辅助筛查肿瘤的,像CEA、CA199等等这些都是非常经典的肿瘤标志物。   但随着技术的进步,大家都希望能够找出一些更好的biomarker帮助医生更早也更方便地发现肿...

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