实用技巧

  • 利用ImageJ测量物体的面积大小教程

    介绍 ImageJ是一个非常强大的科研中常用的工具,那么在实验中,我遇到了如下情况,我拍到了伤口以及尺子的图片,那么我如何知道伤口的面积大小呢?下来,小编教你用ImageJ轻松解决。 参考文献:Shi M, Zhang H, Song T, et al. Sustainable dual release of antibiotic and growth fa…

    2020年2月22日 0 15
  • OmniPath插件:Cytoscape中的信号通路分析工具

    信号通路(Signal pathway)是指能将细胞外的分子信号经细胞膜传入细胞内发挥效应的一系列酶促反应通路。 分析信号通路对于理解生物过程背后的复杂机制至关重要,从文献中捕获有关信号通路的信息对于许多生物学研究的实验设计和分析必不可少。 尽管目前信号通路的资源很丰富,但现有碎片化的数据库及其在聚焦点上的差异严重阻碍了合理、全面的信号通路数据库的创建。 2…

    2020年2月21日 0 32
  • Github上传大于100M文件:LFS

    Git 简介 Git是目前世界上最先进的分布式版本控制系统。其原理如下所示: 首先我们安装git。官方下载位置 https://git-scm.com/ ,下载完成后我们按照普通软件安装即可: 安装完成之后我们的鼠标右键就会出现Git GUI/bash here选项: 创建项目并推送文件 首先我们来测试一下git上传普通文件的方法,为此我在github上新建…

    2020年2月21日 0 12
  • ncbi-genome-download:直接从NCBI的ftp下载微生物基因组

    今天向大家推介一个实用的工具,用来从NCBI的ftp直接下载指定物种范围的微生物基因组。 https://github.com/kblin/ncbi-genome-download/blob/master/README.md 比如说,你想下载全部NCBI的refseq的全体细菌基因组(默认是refseq参考序列数据库),默认的格式为genbank: ncbi…

    2020年2月21日 0 7
  • 医学研究各种森林图用法教程

    开展meta分析的朋友,都懂森林图,它是meta分析最重要的分析结果。但你知道吗?森林图广泛用于各种医学研究,无论在临床试验,还是观察性研究都可以大写身手。但是,你肯定无法列举到底有哪些用途。 本周我给大家带来的是《Journal of Clinical Epidemiology》的一篇教程”森林图在健康研究结果呈现的的多功能用途”M…

    2020年2月20日 0 28
  • 差异分析完整解决方案-EasyAovWlxPlot使用指南

    写在前面 当时我们发布的版本,我封装的比较简单,每个步骤不能分开跑,只能按照流程从一而终,后来我做了升级,将多重比较方法和可视化进行了丰富,再后来我发现正态分布函数错误,所以又进行了更正,最后就是咱们这篇教程了。 作为宏基因组副主编,我觉得有责任将这件事情做到底。过于厚实的封装让大家无法体会到每个步骤的输入输出,所以我将整体部分分为了多个步骤,按照数据检验—…

    2020年2月20日 0 41
  • R语言一键批量完成差异统计和可视化

    R语言一键完成差异检测从数据到展示 单因素差异分析的完整方案 关键词:正态性检验;方差齐性;非参数检验;秩和检验;多重比较;带显著性字母柱状图或箱线图 由于作者水平有限,大家可以添加我的个人微信讨论细节、bug和可改进的地方(微信号:nanjingxuezi) 方案优点 这份方案有一下几个特征,在展示之前给大家mark一下 完整的差异分析思路及其R语言实现 …

    2020年2月20日 0 21
  • 使用Endnote检索和导入文献很卡怎么办

    Endnote虽然是个非常好的文献管理软件,但是每次用它插入文献也是真心累,因为很卡,尤其是检索文献的过程。首先连上数据库需要半分钟,检索文献又需要半分钟以上,如果时运不济,还容易卡死。我不知道其他小伙伴什么情况,至少本人,在近半年里,就没有检索特别顺畅的时候。             经过摸索,在这里贡献一个提高效率的方法。   首先我们打开go…

    2020年2月19日 0 42
  • 免费分子生物学序列比对分析软件大全

    对于每个从事分子生物学和生物化学研究的实验狗,基本上离不开分子克隆、引物设计等。下面小编为你整理了八款序列比对分析软件。 1. 综合性蛋白核酸分析工具包 Vector NTI Advance 11.5.2 Demo 具有蛋白核酸序列分析、引物设计分析、序列显示、多序列排队比较、序列装配等多种功能,还具有增强Internet功能,可直接在软件中使用互联网相关网…

    2020年2月19日 0 27
  • 下载GEO数据太慢怎么办?利用axel下载!

    因为国内需要下载GEO芯片原始数据,但是下载速度真的感人,只有几k。老是找海外的朋友又觉得不好意思,所以就看看github大神有没有什么办法,果然找到了!!! Axel Axel 是 CLI (command-line interface) 下的一个多线程下载工具,通常我都用它取代 wget 下载各类文件,适用于 Linux 及 BSD 等 UNIX 类平台…

    2020年2月19日 0 18

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