按时间归档:2019年05月

  • 通路富集分析中WebGestalt完美代替DAVID

    被吐槽的 DAVID 通路富集分析是做芯片测序后得到大量基因后的常规方式,不得不承认当下用的最多的仍然是 DAVID(https://david.ncifcrf.gov/home.jsp )。 尽管它被吐槽了数据一直不更新,比如 2016年 Nature methods上就发文吐槽过,当然不是针对 DAVID而已,但是它的问题确实是很突出,具体大家可以看下下…

    2019年5月31日 0 5.3K
  • MethHC查询S5E36基因甲基化和表达

    有朋友曾经留言问怎么查一个基因的甲基化,今天我们就介绍一个NB到变态的数据库MethHC: http://methhc.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php。   网站主页 这个数据库有多NB,我们慢慢看来: Q:这个数据库收录了哪些信息? 数据库收录了DNA甲基化、基因表达、microRNA甲基化、microRNA表达,而且收录了TC…

    2019年5月31日 2 1.5K
  • 用stata做漏斗图时,如何让每个点都表示一篇文献

    最近有小伙伴问如何通过漏斗图找文献?如何让每个点都代表一篇文献,知道哪个点对应的哪篇文献,找出影响结果是否稳健的那篇文献。 今天给大家分享一下代码:如下: 利用Stata, 输入如下命令:metafunnel logor selogor, by(id) nolines forcenull eform reverse 效果如下:

    2019年5月31日 0 1.1K
  • lncRNA↔DNA甲基化研究工具——Lnc2Meth

    怎么?最近还在为课题设计烦恼?lncRNA的分子机制令人眼花缭乱,想从转录水平研究lncRNA分子机制?不妨试试lncRNA和DNA甲基化的思路,这类研究主要依赖于MCIp,ChIRP以及ChIP技术,但是别人已经替咱们做过seq和array了,咱们不用花一分钱就能用。 顺手给大家推荐一个贼好用的甲基化数据库,点点鼠标就能做lncRNA课题设计! (1)18…

    2019年5月30日 0 1.1K
  • 常用的RNA甲基化研究常用的数据库——RMBase v2.0、m6AVar

    这一期咱们讲讲科研热点:RNA甲基化(m6A)。 是不是想让自己的课题往热点上蹭?m6A是一大热点,文章质量都很不错,但前提是要知道自己所研究的RNA有没有m6A修饰位点呢?师兄介绍两个新鲜刚出炉的m6A位点预测数据库,让你不做实验就能心中有数。 2018国自然RNA甲基化项目: 国自然命中率如此高的热点,是不是很想知道RNA甲基化研究常用的数据库,现在一起…

    2019年5月30日 0 2.3K
  • 在windows下安装Circos详细版教程

    上期依凡介绍了怎么看懂Circos画的图,今天我们说一下Circos怎么安装以及画图。 Circos采用perl编程,其正常运行需要perl环境,同时要依赖一些perl模块。苹果电脑中一般都装了perl,因此在Circos官网直接下载对应的版本即可;而在windows系统中,我们需要先装一个perl软件,然后再装Circos。 今天我们就以windows系统…

    2019年5月30日 0 1.2K
  • 从硕士与博士论文的差异看硕士论文的答辩决议

    “ 摘要:本文介绍硕士论文与博士论文的差异和共同点,进而指出答辩决议书的差异,最后给出硕士答辩决议书的一个样板。 硕士论文的修业年限一般为2-3年,博士论文的修业年限一般为3-5年。它们之间的主要差异可以归纳为以下几点: 基础知识掌握的广度不同。硕士生要求掌握坚实的基础知识,而博士生要求掌握坚实宽广的基础知识。 专门知识掌握的程度不同。硕士生要求掌握系统的专…

    杂谈 2019年5月30日 0 404
  • Frontiers in Plant Science即时因子3.943,年发文量2000多篇

    今天,我们来看看这本SCI期刊:Frontiers in Plant Science。从现有的记录来看,Frontiers in Plant Science的2018年影响因子(JCR2017)是3.677。 截止到5月18日,即时影响因子已经到3.943分,已近4分。按说,在6月份公布的IF中,它将会在3分以上! 关于此刊的具体情况,大家可以看看: htt…

    2019年5月27日 0 921
  • 没找到需要的信息?科研人如何高效搜索自己想要的东西

    生活中,从来不会缺少问题,我们的科研生活也一样。 那么,遇到问题后,我们该如何解决呢? 笔者认为,三大手段,一是自己解决,二是求助他人,三是搜索。 事实上,大部分的问题都可以通过搜索得到解决或找到相关的资料,对问题的解决起到较大的促进作。结合在今天的信息时代,大量网民的经验、开源代码、可获取文献等信息,更是给我们在解决问题上极大地助力了一把。那么,是不是可以…

    2019年5月27日 0 498
  • 什么是STREAM——一款scRNA-seq拟时分析工具

            scRNA-seq数据分析想必大家都比较熟悉了,自2014年nature biotechnology提出单细胞拟时分析或称为轨迹分析(Trajectory)已经有五个年头了。除了经典的Monocle(只不过是一个R包)之外出现了许多应用方便的分析工具与算法,由我带大家认识一款在Linux(命令行版)和Windows(界面版)都可以使用的分析工…

    2019年5月26日 0 635