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5.3分的生信文章解读新的疾病治疗的靶点——TIM-3基因

随着肿瘤精准治疗的时代到来,未来的十年,免疫治疗仍将是肿瘤治疗的黄金十年,精准治疗要求我们选择精准的疾病靶点,因此,对于疾病相关的分子病理学认识至关重要。而根据数据库进行的生信分析,为我们对疾病分子的认识也起到了积极的作用。今天,我们将解读一篇5.3分的SCI生信文章——作者通过分析预测了一个新的疾病治疗的靶点“TIM-3基因”,相信这篇文章将让大家觉得在百味科研芝士的学习是学有所得,学有所用。

首先,我们来看看标题和IF,毕竟IF比较吸引大家~

这是一篇有关神经胶质瘤与TIM-3基因的纯生信文章,没有具体的实验验证,所以不需要你费时费体力,不需要你费脑费金币。好了,起驾吧!

 

1、摘要

摘要文字不少,但作者目的很明确,欲扬先抑,免疫检测点阻断治疗肿瘤好不好?好。但是,免疫相关副作用太大了,因此再找找其他的免疫检测点——TIM-3,想弄清TIM-3与胶质瘤之间的关系。一起看看作者的文章分析思路:作者用CGGA数据库中胶质瘤患者的RNA-seq数据分析,用TCGA数据库中胶质瘤患者的RNA-seq数据做了验证,以及相关性分析和生存分析。通过以上分析最终作者发现了TIM-3这个基因好,好在某些情况可以替代PD-1/PD-L1靶点(这个厉害了!)。(此处给大家留个疑问,作者是如何锚定的TIM-3基因呢?差异基因?枢纽基因?关键基因?驱动基因?明星分子?文献报道?)

2、数据的下载

从CGGA数据库中下载325例胶质瘤样本进行分析,TCGA数据库中699例胶质瘤样本进行验证。关于TCGA数据下载,请关注本公众号“TCGA数据库教程”栏目。

 

3、TIM-3基因表达与胶质瘤之间的关系

作者分别用CCGA和TCGA数据集分析了不同胶质瘤分级、胶质瘤IDH状态与TIM-3基因表达水平的差异,最终用箱线图展现了结果,不会画箱式图的请看我们最新推出的医学科研R语言绘图精品课程,手把手教代码,详细易学好上手,重要的是免费!!

此外,作者还分析了不同胶质瘤类型与TIM-3基因表达水平的差异,发现在“mesenchymal molecular subtype glioma”这种胶质瘤中表达较高。同时用ROC曲线说明了TIM-3基因在预测胶质瘤中的敏感性和特异性。

4、胶质瘤中TIM-3基因与免疫功能的关系

胶质瘤中TIM-3与免疫功能密切相关。GO分析表明,在CGGA和TCGA数据库中,TIM-3主要参与肿瘤免疫反应和炎症反应。GO的分析通过DAVID网站来实现,关于功能富集分析,我们可以用DAVID及Metascape进行操作,二者的实操帖子请参见DAVID&Metascape:专注于基因功能注释和富集通路分析的网站

TIM-3与免疫应答的相关性分析:作者通过AmiGO2网站(http://amigo.geneontology.org/amigo/landing)下载了TIM-3免疫应答相关的基因集,选择与TIM-3相关的基因制作了热图。图中展示了不同样本的分子亚型、IDH状态、TIM-3基因的表达量。图中可以看出大多数免疫应答相关基因与TIM-3表达呈显著正相关,而有仍有少数基因与Tim-3表达呈显著负相关。

TIM-3与T细胞免疫功能/炎症的关系:通过比较不同免疫细胞与TIM-3基因之间的关系,以及炎症与TIM-3基因之间的关系。

5、生存分析

最后不可或缺的是TIM-3基因与胶质瘤预后的关系,也就是生存分析。生存曲线可以用很多工具实现,这里提几个:最简单的SPSS软件、Kaplan-Meier在线分析、OncoLnc网站,R语言等,所有的生存分析实操请参加我们的推文最全生存分析网页版工具,你掌握了几种?

  

最后我们总结一下文章的思路:

1、生信数据的下载:本文中三个数据库CGGA、TCGA、AmiGO2网站;

2、基因表达谱的分析:可以从肿瘤分级、分型、基因状态等来进行;

3、免疫相关分析:可以从免疫功能注释、免疫细胞、分子免疫亚型等方面入手;

4、预后生存分析:根据基因表达水平高低制作生存曲线图。

 

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