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MethHC查询S5E36基因甲基化和表达

有朋友曾经留言问怎么查一个基因的甲基化,今天我们就介绍一个NB到变态的数据库MethHC: http://methhc.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php。

 

网站主页

这个数据库有多NB,我们慢慢看来:

Q:这个数据库收录了哪些信息?

数据库收录了DNA甲基化、基因表达、microRNA甲基化、microRNA表达,而且收录了TCGA数据库中基因表达和甲基化的关系。我们知道在调控基因表达的转录水平上,DNA的甲基化是很重要的一个环节,有了这个数据,就能帮我们在探索基因调控机制上省很多力气了。

关于甲基化的概念,数据库通过一张图展示了DNA甲基化中CpG岛、CpG Shore等的概念。

CpG Island regions were defined based on UCSC criteria : CG content >50%, Obs/Exp, CpG ratio >0.60 and length >200 bps.

Shores were defined as the 2 kb up- and down-stream of a CpG island and shelves as the 2 kb outside of a shore. (including N shelf, N shore, CpG Island, S shelf and S shore of CpG region)

下面我们看这个数据库的功能强大之处:

 

功能介绍

一、 检索基因、microRNA在18类肿瘤中的甲基化程度和差异

我们看到数据库收录了包括乳腺癌、肠癌、肺癌等18类肿瘤,选择搜索基因还是microRNA、选择癌种

接着上面的界面选择基因甲基化区域、选择基因:

然后search,这里我们同时检索多个分子,结果按照基因和转录本单独显示:

比如基因AKT3的NM_001206729转录本18类肿瘤中的甲基化程度和差异

WNT1基因在18类肿瘤中的甲基化程度和差异

microRNA18类肿瘤中的甲基化程度和差异

 

二、基因、microRNA甲基化与表达水平关系

首先选择Browse Top250,即浏览前250名:

查看SPDYE1基因的具体数据:

样本中的具体数据,可以下载下来自己分析。

 

三、基因和microRNA在肿瘤中甲基化聚类

选择某一簇“Cluster”microRNA

继续放大,看到具体表达数值。

That’s all. Thank you!

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