1. sci666首页
  2. 实用技巧
  3. 工具介绍

maplab——挖掘基因表达与甲基化的神器库

欢迎回来,白介素同学发现一个挖掘基因表达与甲基化的神器库,分享给大家:

假如我们对某个肿瘤中的某个基因甲基化情况比较感兴趣,如何优雅地用神器来解决这个问题呢?

首先来看看神器长啥样?界面干净清爽,知道大家也喜欢简约。

maplab——挖掘基因表达与甲基化的神器库

接下来,开始秀操作了,假如咱们对CCL5这个基因感兴趣,随便分析个肿瘤吧,只要在输入框中输入感兴趣的基因,选择感兴趣的肿瘤,下面展示一系列的图:

maplab——挖掘基因表达与甲基化的神器库

各个位点在肿瘤与正常组织的甲基化分布情况:

maplab——挖掘基因表达与甲基化的神器库

是否肿瘤与正常组织之间的甲基化程度存在差异,差异的用星号标注,结果一目了然。

maplab——挖掘基因表达与甲基化的神器库

另外一个好用的功能是挖掘基因表达与甲基化位点之间是否存在相关性:

maplab——挖掘基因表达与甲基化的神器库

敲重点,结果全部可供下载,发表级图片!

这个是白介素同学把分析结果下载下来的一个压缩包,里面从csv、pdf乃至png全部囊括在内。

maplab——挖掘基因表达与甲基化的神器库

基因表达与甲基化的对比

关于这个神器的另一个特点是,能够同时提供基因表达的可视化,如果你对某个基因感兴趣,就可以使用这个数据库来先看下基因表达与甲基化的情况,可以给大家提供一张图看看:

maplab——挖掘基因表达与甲基化的神器库

好,似乎到这里该结束了哈,其实还没有,为啥叫发现了一个神器库呢,因为下面还有彩蛋:

maplab——挖掘基因表达与甲基化的神器库

这分明就是一个神器库嘛,下面还包含了一些可视化的工具,只不过白介素同学一般只推荐最好用的。其它的免费赠送,买一赠库。

maplab——挖掘基因表达与甲基化的神器库

再继续往下看,发现这个工具集合的网站,其实是一个实验室开发的,也属于一个精准医学大项目的一部分,具体的内容就不再过多介绍了,这次咱们不关心大佬,只关心神器是否好用。

maplab——挖掘基因表达与甲基化的神器库

神器背景

这个神器的学术论文是2015年西班牙的研究团队发表在 Epigenetics & Chromatin杂志上。

maplab——挖掘基因表达与甲基化的神器库

以下附上神器网址:

http://maplab.imppc.org/wanderer/

参考文献网址:

https://epigeneticsandchromatin.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13072-015-0014-8

以上就是这个数据库的全部内容了,操作起来是不是简单实用?

这些可能会帮助到你: 问答社区 | 共享百度SVIP | 留言建议

欢迎入群交流:生信分析群: 732179952 · Meta分析群: 797345521 · 医学科研交流群: 797345521

发表评论

电子邮件地址不会被公开。 必填项已用*标注