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常用的RNA甲基化研究常用的数据库——RMBase v2.0、m6AVar

这一期咱们讲讲科研热点:RNA甲基化(m6A)。

是不是想让自己的课题往热点上蹭?m6A是一大热点,文章质量都很不错,但前提是要知道自己所研究的RNA有没有m6A修饰位点呢?师兄介绍两个新鲜刚出炉的m6A位点预测数据库,让你不做实验就能心中有数。

常用的RNA甲基化研究常用的数据库——RMBase v2.0、m6AVar

2018国自然RNA甲基化项目:

常用的RNA甲基化研究常用的数据库——RMBase v2.0、m6AVar

国自然命中率如此高的热点,是不是很想知道RNA甲基化研究常用的数据库,现在一起来看看吧。

 

(1)RMBase v2.0

网址:http://rna.sysu.edu.cn/rmbase/

创建者:屈良鹄

咱们之前介绍过此神人,屈良鹄教授是中山大学生命科学学院教授、博士生导师,教育部“长江学者奖励计划”特聘教授。长期从事分子生物学与基因工程方面的教学与科学研究,是RNA组学领域专家。在Nature、Science、PNAS、Hepatology、Nucleic Acids Res等国际重要杂志上发表论文100余篇,就是这么吓人。

咱们熟悉的Starbase就是该神人实验室构建的,这个RMBase也是其成果,前几年出了个1.0版本,这不2.0版本更新了嘛。

常用的RNA甲基化研究常用的数据库——RMBase v2.0、m6AVar

严格来讲RMBase是一个RNA水平表观遗传修饰查询的数据库,除了m6A,还可以查询RNA和miRNA的结合、RNA结合的蛋白分子等,数据来源于GEO和Sequence Read Archive,(SRA) databases中的CeU-seq,Aza-IP,MeRIP-seq,m6A-seq,m1A-seq,miCLIP,m6A-CLIP,RiboMeth-seq,Nm-seq的测序数据。

常用的RNA甲基化研究常用的数据库——RMBase v2.0、m6AVar

这个数据库包含约1 373 000个N6-methyladenosines (m6A)修饰,∼5400 N1-methyladenosines (m1A)修饰,∼9600 pseudouridine修饰, ∼1000 5-methylcytosine (m5C) 修饰,∼5100 2’O-methylations (2’O-Me)修饰信息。

常用的RNA甲基化研究常用的数据库——RMBase v2.0、m6AVar

但是这个网站一直上不去,跟starbase一样,坐等数据库更新完毕。

 

(2)m6AVar

网址:http://m6avar.renlab.org

作者:中山大学任间教授

常用的RNA甲基化研究常用的数据库——RMBase v2.0、m6AVar

中山大学生命科学学院、超级计算学院,中山大学生物信息学中心主任,广东省首批自然科学杰出青年基金获得者。师兄发现任间教授和RMBase的主创团队居然是同一个学院的,两个数据库发表的论文也就相差了7天时间,竞争从内部就开始了。

下面这张图就是m6AVar数据库主要包含的查询类别,包括m6A位点查询、基因SNP查询、RNA的RBP蛋白以及结合位点、miRNA-RNA作用预测等。

常用的RNA甲基化研究常用的数据库——RMBase v2.0、m6AVar

那咱们接下来就操作感受一下:

首先第一步咱们搜下lncRNA Malat1的信息:

常用的RNA甲基化研究常用的数据库——RMBase v2.0、m6AVar

结果呈现:

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可以查询此基因m6A过程中的RBP(RNA结合蛋白),其在m6A中起重要作用

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