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利用DIANA Tools进行miRNA分析

今天我们介绍一个数据库,这个数据库真的是研究miRNA同学的福音,我们以前介绍过很多有用的数据库,包括比较强大的mirwalk但是,在这么多工具中,只有今天说的这个工具是小张个人五星推荐的,说实话,小张一开始是舍不得分享给大家的。

 

好了,不掉大家胃口了,这个工具强大到什么程度,大家看了就知道了。

这个数据库就是DIANA Tools:


http://diana.imis.athena-innovation.gr/DianaTools/index.php?r=site/page&view=software

 

大家先看看这个网站能干什么:

  • miRNA与靶基因

  • miRNA与信号通路

  • miRNA与lncRNA

  • 自动分析数据

  • 直接根据序列(新miRNA)预测靶基因

  • miRNA发表相关文章;

  • miRNA启动子和调控因子

  • 分析测序数据中miRNA和转录因子的关系

是不是我们想要的功能基本都有了!而且,每个工具使用起来炒鸡简单!

今天举几个例子先看看,下次我们接着介绍这个数据库。 

 

microT-CDS,预测microRNA靶基因

我们知道预测microRNA靶基因的网站太多了,像Pictar,Miranda,Targetscan等等。但是,大家看我用has-mir-125在这个网站做的预测过程:

第一步输入:hsa-mir-125

第二步:选择hsa-miR-125b-5p


然后点击箭头就好了:


不仅有miRNA与靶基因的结合位置,还有物种保守性,甚至连pubmed上有没有相关文章都能自动检索,下面的检索词是自动检索的:

二. LncBase v.2,根据miRNA预测lncRNA

这个功能我们介绍过Starbase这么强大的网站,居然还不会用?)。进入数据库看到下面的界面:

下面我们用hsa-mir-206举例,进入数据库后看到实验和预测:


物种包括人、小鼠、大鼠等多个,搜索lncRNA的时候直接输lncRNA ID,也可以根据位置搜索,还能与实验模式转换。 我们看人hsa-mir-206的预测结果:

不仅显示预测到的lncRNA,还有lncRNA与hsa-mir-206的直接结合序列,以及物种保守性和组织、细胞表达。另外预测到的lncRNA还能连接到UCSC数据库:

上面的是从miRNA预测lncRNA,下面我们看实验模块从lncRNA找miRNA:


选择后就好了,输入XLOC_000647:

不仅可以看到miRNA,还可以根据组织、细胞、实验方法、(正、负)相关性、直接还是间接作用和物种进行筛选,还可以看miRNA的相关疾病:

 

三、miRGen v.3:miRNA启动子和调节因子,比如转录因子

我们这次还是以hsa-mir-22为例:

不仅可以通过组织和细胞类型,启动子范围进行筛选,还显示转录因子与miRNA启动子的结合位点、位置。

 

四、mirpub:miRNA相关文章

还是以hsa-mir-125为例:


前面选择hsa-mir-125b-5p的步骤一样,然后就是结果了:


不仅有文章基本信息,还能根据关键词、疾病、出现位置进行筛选。

最后说明一下:大家应该发现小张举例子的时候不是用一条miRNA举例的,原因是有的miRNA在数据库里面没有收录,如果没有找到要查的miRNA也不用急,试一下别的数据库就行了。

好了,今天先介绍这四个功能,大家可能已经意识这个数据库的强大了,但今天的内容只是这个数据库的一部分,下次我们要说的会更强大:

  1. miRNA和信号通路;

  2. 新miRNA预测靶基因;

  3. 分析自己和别人的测序数据。

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