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Pathbank:信号通路数据库

2004年,兰德公司发布了一份名为《Collectingthe dotsproblem formulation and solution elements》的报告,说明了收集信息点与解决问题的重要性。2005年,乔布斯在斯坦福毕业典礼演讲中,第一个故事是《Connecting the dots》,讲了把这些点串起来成就事业的故事。可见,这些点的搜集与联系是多么重要。

Pathbank:信号通路数据库

基础研究中,药物、基因、蛋白、疾病都是一个一个散落点,把这些点串起来就是信号通路,我们所做的研究往往就是用我们的实验结果,在信号通路图上添上一笔。然而,信号通路图往往很复杂(如上图),怎么快速查找并直观了解,我推荐下面这个数据库给你。

Pathbank(信号通路银行)

网址是:https://pathbank.org/

Pathbank:信号通路数据库

PathBank是一个交互式的可视化数据库,包含在模型生物(例如人类,小鼠,大肠杆菌,酵母和拟南芥)中发现的100,000多个信号通路。这其中的大多数在其他数据库中找不到,这也是这个数据库的优势所在。

所有信号通路中涉及的蛋白、代谢小分子、药物等都有详细地解释,并通过超链接的方式连接到专业数据库。

所有PathBank途径均附有详细的说明和参考,以概述每个图中描绘的途径,状况或过程。该数据库易于浏览,并支持全文,序列和化学结构搜索。

用户可以用代谢物名称,药物名称,基因/蛋白质复合物名称,SwissProt IDGenBank IDAffymetrix ID或安捷伦微阵列ID的列表查询PathBank。这些查询将生成匹配路径的列表,并在每个路径图上突出显示匹配分子。

基因,代谢物和蛋白质复合物浓度数据也可以通过PathBank的作图界面可视化。每个PathBank的图像,描述和表格都可以几种格式下载。

Pathbank:信号通路数据库

网站提供了浏览和搜索两种方式,在浏览中,我们可以看到信号通路的直接呈现或者从化合物或蛋白的角度切入浏览。通过选择不同的物种和类型,能够进一步缩小搜索范围。

Pathbank:信号通路数据库

浏览结果从左到右依次是信号通路图、信号通路的介绍、信号通路中标记处的化合物以及关键蛋白,点击图片就可以看到完整的信号通路图。

Pathbank:信号通路数据库

信号通路图相较于KEGG Pathway更为直观,化合物都给出了化学式,整幅图还有多种下载形式,SVG格式的图片可以用AI直接编辑。缺点是字体过小,可以将图片下载下来进一步编辑。

我们再以EGFR为关键词,搜索一下有关EGFR的信号通路图。

Pathbank:信号通路数据库

搜索结果可以看到,EGFR相关的信号通路多达18个,不仅仅是其他网站搜索得来的EGFEGFR信号通路,EGFR靶向药物的信号通路以及EGFR作为配角的信号通路图都有呈现。

Pathbank:信号通路数据库

同样,这个网站也是一个了解相关药物信息的不二之选。药物的化学式、主要成分作用介绍涉及哪些信号通路也都一一呈现出来,方便你的选择和进一步的探索。

以上就是我们今天的分享内容,本公众号一直也在进行细胞信号通路的讲解来帮助大家理解,希望能给各位的科研提供一定的帮助。

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