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文献解读:血小板基因表达发现急性心肌梗死

今天跟大家文献解读的是2019年12月发表在Sci Rep(IF:4.011)杂志上的一篇文章“Sighting acute myocardial  infarction through platelet gene  expression”.在文章中作者通过对比正常人与急性心肌梗死患者血小板基因表达,得到5个DEGs,并通过ROC分析证明这5个DEGs可以很好区分出急性心肌梗死患者,最后作者对这5个DEGs进行注释。

Sighting acute myocardial infarction through platelet gene expression
血小板基因表达发现急性心肌梗死

一.研究背景

  • 急性心肌梗死通常是由于动脉粥样硬化导致斑块破裂以及凝血因子聚集导致血栓形成,最终限制冠脉血流。但是对非心脏病死亡患者尸检,发现动脉粥样硬化斑块破裂经常发生,而只有少部分斑块破裂导致血栓形成。

  • 血小板是是由巨核细胞(MKs)的细胞质形成的无核细胞,起止血、凝血作用,参与动脉粥样硬化的发生、进展。尽管血小板没有细胞核,但是存在来源于巨核细胞的RNA,如:mRNA、lncRNA和microRNA等。同时在此前研究中,血小板转录组改变与冠状动脉疾病、房颤、原发性血小板增多症、系统性红斑狼疮和镰状细胞性贫血等疾病有关。

二.分析流程

文献解读:血小板基因表达发现急性心肌梗死

三.结果解读

  • 表1:展示所有患者包括家族史、ST抬高位置用药史等临床信息

文献解读:血小板基因表达发现急性心肌梗死

 

表1. 患者特征及其心血管危险因素
 

  • 作者对上述患者进行了采血纯化血小板、PCR扩增以及微矩阵杂交得到数据,并进行健康人与ST抬高型心肌梗死(STEMI)患者的差异表达分析,以p<0.01得到5个差异表达基因:KBP5、S100P、SAMSN1、CLEC4E和S100A12。,并通过比较STEMI患者与SCAD患者验证结果

文献解读:血小板基因表达发现急性心肌梗死

 

图1. 5个DEGs在STEMI患者(红色)、健康受试者(绿色)和SCAD患者(橙色)的表达
 

  • 图2. 通过ROC曲线说明5个DEGs能很好区分STEMI患者与健康受试者或SCAD患者

文献解读:血小板基因表达发现急性心肌梗死

 

图2. ROC分析区分SCAD、HD和STEMI的效果
 

  • 表2. 通过GO注释5个DEGs,发现都与心血管疾病有关。S100A12与冠状动脉疾病(CAD)和动脉粥样硬化斑块有关;FKBP5与STEMI有关;CLEC4E和SAMSN1与动脉粥样硬化病变有关;S100P与急性冠状动脉综合征(ACS)有关。

文献解读:血小板基因表达发现急性心肌梗死

表2. 注释5个差异基因

小结

  这篇文章中作者,首先分析了健康人与STEMI患者血小板基因表达差异,进而采用ROC证明了DEGs的区分STEMI患者效果良,最后通过GO进行注释。

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