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String加Cytoscape制作PPI网络图教程

在生信分析中,常常会使用STRING网站+Cytoscape软件来制作蛋白互作网络图(PPI)。既可以是任意你感兴趣的一些蛋白,也可以是差异分析中上调下调的基因集,下面介绍一下操作的步骤。

目录

方法一:先在网页中操作,然后将数据导入cytoscape

方法二:通过插件,直接将基因集导入cytoscape

cytoscape进一步处理图片

1、改变图形的样式,有模板可以选
2、节点和边的属性,批量操作
3、改变节点的形状
4、改变节点形状的大小
5、改变节点的颜色
6、如果节点之间是有方向的,可以给边加箭头
7、调整边的颜色大小及线型
8、导出图片
9、保存我们所有的设置

 方法一:先在网页中操作,然后将数据导入cytoscape

首先我们进入STRING网站的官网(网址为https://string-db.org/),界面很简单明了,左侧一栏是网站的输入方式,右侧一栏是我们的蛋白输入框。通常我们在做PPI时选择输入方式是“Multipleproteins”,即多个蛋白的输入。

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选择好蛋白的输入方式后,输入一列差异基因,STRING网站对基因的限制条件是不超过2000个基因,格式也是每行一个基因名(或者说是蛋白名字吧,总之就是差异基因所表达的蛋白)。简而言之,这个页面上的操作的步骤是先选择“Multiple protenins”,然后输入基因名,最后选择“Homo sapiens”。

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然后点击“SEARCH”选项,检查一下对应的蛋白名称对不对,如果是对的,继续点击“CONTINUE”选项。

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这样就做好了一张PPI图,但是看上去还是比较杂乱的,因此我们需要通过Cytoscape软件对PPI图进一步做美化处理。

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下拉当前页面,可以看到一行菜单,Legend菜单里面是关于网络图中NodesEdges的注释,了解一下。

 

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Settings菜单功能比较重要,比如我们对Edges的选择,“confidence”是通过线条的粗细来反映蛋白之间相互作用的强弱。如果我们制作的网络图比较分散,我们可以通过设置“minimum required interaction score”将conbined_score调高来调整PPI,使图形看上去更紧密。

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Analysis菜单里面,我们可以查看network的一些信息,包括nodesedgesdegreePPI富集分数的P值等,同时我们也能查看GOKEGG功能富集信息及其他信息。

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Clusters菜单,是将PPI网络进行聚类,点击APPLY

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我们可以看到,通过聚类后,蛋白通过聚类形成不同颜色的成簇分布的蛋白互作网络图。

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如果我们想要在Cytoscape软件中调整网络图,直接点击“Exports”选项,下载TSV格式的文件保存。

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保存好的TSV格式文件是Cytoscape软件数据的输入方式之一,当我们在STRING网站完成PPI制作之后,就可以打开Cytoscape软件了。

导入数据:File-Import-Network-file,然后选择TSV格式的文件。

 

方法二:通过插件,直接将基因集导入cytoscape

1、先安装stringApp插件

打开cytoscape软件。点击Apps/App manager/Install Apps/

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有时候反应比较慢,等反应完之后,选择stringApp插件进行安装即可。安装完之后,可以直接导入蛋白名称,生成string网络PPI作用图。

选择File/Import/Network from public Databases

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选择STRING: protein query

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在空白框中填入蛋白名字列表,选择Confidence cutoffmaximum additional interacters

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cytoscape进一步处理图片

1、改变图形的样式,有模板可以选

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2、节点和边的属性,批量操作

通过导入包含节点或边属性的txt文件来完成,格式如下。

String加Cytoscape制作PPI网络图教程

 导入前,保证我们正在操作的网络是被选中的。

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3、改变节点的形状

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4、改变节点形状的大小

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还可以设置成两边大中间小的,使用add增加中值的点,根据需要自己调整

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5、改变节点的颜色

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6、如果节点之间是有方向的,可以给边加箭头

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7、调整边的颜色大小及线型

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8、导出图片

File/Export/Network to image,推荐选择矢量图,方便后期修改,也就是选择pdfsvg格式

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9、保存我们所有的设置

为所有的操作保存记录,避免忘记自己的操作了。

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