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MISIM:mircoRNA 相似性查询数据库

我们有时候在做mircoRNA芯片分析的时候。经常能分析得到很多候选地mircoRNA,那么对于这些miRNA怎么选择呢?他们之间是否存在功能上的相似性?这个时候就可以用到MISIM数据库了。

MISIM(http://www.lirmed.com/misim/Home)是一个可以用来预测miRNA之间相似性的数据库。

MISIM:mircoRNA 相似性查询数据库

如上图所示,MISIM一共分为五个功能。其中两个是比较miRNA之间的相似性的功能。其中分别是输入多个miRNA,比较miRNA之间的相似性。另外一个是输入一个miRNA,寻找和这个miRNA功能相似的miRNA。剩下的三个是用来查询miRNA和疾病之间相似性的数据库。
这次就只介绍一下miRNA之间的相似性比较。
 

输入

在候选miRNA之间相互比较的数据库当中:

  1. 我们需要输入一系列的候选miRNA。需要注意的是,这些miRNA是前体miRNA,而不是成熟的miRNA。
  2. 选择是否考虑其上下调的关系。

MISIM:mircoRNA 相似性查询数据库

 

输出

点击submit后我们可以得到各个miRNA之间的相似性结果。

MISIM:mircoRNA 相似性查询数据库

同时结果当中也提供了对于各个miRNA之间的相互作用网络。我们点击Show Network就可以得到miRNA之间的相互作用关系图。

MISIM:mircoRNA 相似性查询数据库

另外点击Functional Enrichment可以得到其中的富集分析结果。这个富集分析的结果和我们传统意义上的富集分析是不一样的,一个是富集分析输入的miRNA和哪些miRNA有关,另外一个是富集分析输入的miRNA和哪些疾病有关。

MISIM:mircoRNA 相似性查询数据库

 

下载

在数据库当中也提供了Download的选项,这个可以下载数据库的所有数据来进行数据的DIY。

MISIM:mircoRNA 相似性查询数据库

 

数据库总结
我们在进行组学分析的时候,如果是做miRNA芯片,经常会得很多的差异表达的miRNA。这个时候,其实可以通过这个数据库来比较一下这些差异的miRNA有相似度高不高,这样就可以进一步的选择相似度高的来进行多个miRNA研究了。

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