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PubMed专题:(一)如何精准高效地进行文献搜索

文献搜索在每个科学家的日常生活中都是不变的。我们花费大部分时间来积累信息。无论是编写一个基金本子,设计/排除一个棘手的实验···这都需要我们了解领域的最新动态。其中,我们的大多数研究和文献搜索都是在线完成的。

对于生物医学和生命科学,文献检索的首选网站是PubMed,由美国国家医学图书馆(NLM)的国家生物技术信息中心(NCBI)维护。通过PubMed,你可以访问MEDLINE数据库中的引文,以及生命科学期刊和书籍。

因此,笔者在这里想跟各位分享下关于PubMed的一些使用心得和技巧。

01

熟悉PubMed

 

PubMedhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/)是美国国家医学图书馆(NLM)所属的国家生物技术信息中心(NCBI)于2000年4月开发的,基于WEB的生物医学信息检索系统,它是NCBI Entrez整个数据库查询系统中的一个。

 

PubMed数据库来源为MEDLINE、OLDMEDLINE、Record in process、Record supplied by publisher等,其核心为MEDLINE(一个数据库,包含来自7000多种期刊的超过2700万篇文章的书目信息),但也包括其他与医学相关的领域,且界面提供与综合分子生物学数据库的链接,其内容包括:DNA与蛋白质序列,基因图数据,3D蛋白构象,人类孟德尔遗传在线数据库(OMIM),全文链接等。

据统计,在平均工作日,来自世界各地的约250万用户访问PubMed以执行大约300万次搜索和900万次页面浏览。

说到PubMed,就不得不提下另一与其紧密联系且强大的数据库——PubMed Centralhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/——存储了文献的全文,且每天增加1000多篇文章,这也为改进PubMed提供了机会。除了向用户提供更多内容之外,PubMed Central也在开发自动化方法来应对与全文(包括图表中的文本)的可用性可以改善搜索。

展望未来,开发PubMed的团队还设想PubMed作为获取一系列不同NCBI文献资源的中心切入点,创建了一个新的数据结构,内部称为PubOne,将不同类型的文档(如PubMed摘要,PubMed Central的全文,书籍章节等)合并为一个记录,以便使所有一对一访问生物医学文献,进一步计划探索PubMed是否可以使用开放数据和替代指标中的各种计划的输出来改进搜索。还提到,PubMed的开发受益于开源平台和技术和用户反馈,会加快创建PubMed 2.0。(团队2017年发表的文章)

02

利用PubMed的强大

好了,不扯了,进入主题,如何利用好PubMed?笔者拟划分3部分来阐述:

第一部分:如何精准高效地进行文献搜索(本次推送)

第二部分:搜索结果的筛选、阅读、保存与利用(下次推送)

第三部分:PubMed的高阶应用(下下次推送)

敬请期待!

01

账号

首先,创建一个myNCBI帐户。相信笔者,无论如何,你都想要这样做。

(PubMed首页)

这个帐户为您提供了许多优秀的资源,不仅适用于PubMed,也适用于其他NCBI数据库和工具。

注册账号的步骤比较简单,就不阐述了。(支持QQ邮箱)

现在,笔者想专注于使用PubMed的文献搜索,更具体地说,关于如何保存和整理搜索。因此,首先设置你的帐户,然后按照笔者的提示,了解如何将PubMed与myNCBI一起使用。

(笔者账号的myNCBI)

02

搜索

PubMed的搜索,可分为三种:基本搜索、高级搜索和临床主题查询。

2.1

基本搜索

几个注意点:

1.当完整文献的标题搜索不到时,善用关键词搜索一般而言,输入完整的文献标题,PubMed都会给你搜索到,但是,这并非万能,这主要是由于,你所识别的与PubMed所识别的不一致。如你输入的Correction for Tang and Dubayah,在PubMed的眼中则是Correction AND for AND Tang AND and AND Dubayah,这是不一样的。

2.文献的期刊信息、PMID、DOI号,往往搜索的更为精准

如参考文献的信息:Vitalone MJ, Wei L, Fujiki M, Lau AH, Littau E, Esquivel C, Martinez OM, Krams SM. Liver microRNA Profile of Induced Allograft Tolerance. Transplantation. 2016 Apr;100(4):781-90。那么,后部分的红色字体,也可以被PubMed所识别,进而搜索出来。如有DOI,PMID也一样,优先这些信息搜索。

3.避免这类词的搜索

2.2

高级搜索

首先,进入高级搜索:

在All Fields里,包含以下可搜索领域:

高级搜索的使用:

1.选好Fields;

2.输入关键词;

3.点击Search,PubMed自动生成搜索语法,并进行搜索。

另外,可适当使用“AND”、“OR”、“NOT”的关系。

下面,介绍几个常用的Fields:

Author [AU]

搜索此字段的格式为:姓氏后跟空格,前两个首字母后跟空格和后缀缩写(如果适用),全部没有句点或姓氏后面的逗号。搜索时可以省略缩写和后缀。

PubMed会自动截断对作者姓名的搜索,以便考虑不同的首字母,例如,o’brien j [au]将检索o’brien ja,o’brien jb,o’brien jc jr,以及o’brien j。要关闭自动截断,请将作者姓名用双引号括起来并用括号中的[au]标记,例如“o’brien j”[au]以仅检索o’brien j。

Entrez Date [EDAT]

这是代表引文添加到PubMed数据库的日期。例外情况:截至2008年12月15日,PubMed在发布之日起超过12个月后加入PubMed,EDAT设置为发布日期,但书籍引用除外。搜索结果以Entrez日期顺序显示,即后进先出。

注意:Entrez日期不会更改,以反映发布商提供的记录被提升到正在处理的日期,或者正在将进程内记录提升为MEDLINE索引的日期。

First Author Name [1AU]

文献中的第一作者,你们懂的。

Grant Number [GR]

基金号搜索字段包括指定美国PHS(公共卫生服务)机构以及其他国家或国际资金来源的财务支持的研究资助号码,合同号码或两者。授权数据的四个部分是:

1. 数字,例如,LM05545

2. PHS 2字符授权缩写,例如LM

3. 研究所的首字母缩略词,例如NLM NIH HHS

4. 国家,例如美国

Journal [TA]

期刊检索字段包括期刊标题缩写,完整期刊标题或ISSN编号(例如,J Biol Chem,Journal of Biological Chemistry,0021-9258)。

Last Author Name [LASTAU]

引用中的最后一个作者姓名,即通讯作者

Publication Date [DP]

发布日期是文章发布的日期

必须使用格式yyyy / mm / dd [dp]搜索日期或日期范围,例如1998/03/06 [dp]月份和日期是可选的(例如,1998 [dp]1998/03 [dp])。

Title [TI]

引文标题中包含的单词和数字,以及书籍引文的集合标题。

(PubMed Help,https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3827/#pubmedhelp.Searching_by_date

当我们了解这些可搜索领域的具体定义,那么,我们就可综合各个不同可搜索领域的关键词,可助我们更快地找到我们想找到的文献。

2.3

临床主题查询

PubMed Tools下面的Clinical Queries链接。PubMed临床查询页面旨在通过三个临床研究领域筛选一个搜索:临床研究类别系统评价医学遗传学

当中,临床研究类别,提供五个类别供您选择:

治疗:讨论疾病治疗的临床研究——搜索默认值。
诊断:解决疾病诊断的临床研究。
病因学:解决疾病和诊断中的因果关系/危害的临床研究。
预后:解决疾病预后的临床研究。
临床预测指南:临床研究,讨论预测疾病存在或不存在的可能性的方法。

范围可以定义为Broad(默认值)或Narrow:

广泛:包括相关文章,但可能是一些相关性较低的文章。
缩小:包含更精确的文章,检索的更少。

系统评价 

此功能用于帮助查找系统评价和类似文章。它将您的搜索词与引文确定为系统评价,荟萃分析,临床试验评论,循证医学,共识发展会议和指南相结合。

医学遗传学

过滤医学遗传学主题的引文。您可以选择以下主题:诊断,鉴别诊断,临床描述,管理,遗传咨询,分子遗传学,基因检测或所有(列出的主题)。

参考资料

1.https://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/mj97/mj97_web.html
2.https://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/mj16/mj16_pm_20.html
3.https://lens.elifesciences.org/28801/

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