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如何在细胞和组织样品中查找一个基因的表达量?the human protein atlas数据库

基因表达的过程可分为转录、RNA剪接、翻译、蛋白质的翻译后修饰这几步。基因表达调控控制细胞的结构与功能,同时也是细胞分化、形态发生及生物体的多功能性和适应性的基础。不同的时间、不同的环境,以及不同部位的细胞,或是基因在细胞中的含量差异,皆可能使基因产生不同的表现。基因调节也可以作为进化变化的底物,因为基因表达的时间,位置和数量的控制可以对基因在细胞或多细胞生物体中的功能具有深远的影响。

因此在研究基因的功能时,选择一个好的细胞模型、选择一个好的病理样本选择一个疾病与基因的关系至关重要,那么在研究的前期,如何根据已有的数据库去查找所研究的基因在细胞系中,在组织中,在不同的疾病中的表达量?

今天就简单介绍一下,如何在细胞和组织中查找一个基因的表达量,为你的研究添砖增瓦。

the human protein atlas网址:http://www.proteinatlas.org/,以自己感兴趣的基因human ABHD8为例:

首先在搜索框中输入ABHD8,点击Search:

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细胞

 

如何在细胞和组织样品中查找一个基因的表达量?the human protein atlas数据库

 

结果中对应的是具体的信息,当然最显眼的还是右侧的图片,网站结果显示,该基因在细胞核中有表达,在中间灰色部分,第一块说的是基因的详细信息,第二块说的是该基因表达的蛋白在细胞核中,该结果的实验材料是PC-3,并且是已经证实的在细胞核中,第三部分看到该基因已经有成熟的抗体了。

接着下拉界面我们看到了在不同的细胞系中,该基因表达水平,这对于研究该基因选择合适的细胞模型很重要,特别是WB的时候,如何本底细胞的蛋白无法检测,那岂不是有点尴尬?右上角的organ, origin是根据不同的分类对细胞进行分类,在结果中我们可以发现,在pc-3这个细胞中,该基因的表达量明显高于其他细胞系的表达量。Pc-3细胞是人前列腺癌细胞,其次表达量较高的是BEWO细胞(人绒毛膜癌滋养层细胞,该细胞和复发性流产相关),其中两个关系比较密切的细胞系中,一个是与女性生殖相关,一个是与男性生殖相关。其中的研究价值不言而喻。

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接下来看到的是该基因在细胞中表达位置,并且已经经过验证的。

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接下来是基因的信息了,介绍的还算比较详细:

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组织

以上我们把细胞的内容看完了,再翻到该页面的最上边,右上角的位置,选择TISSUE,

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并且在不同组织中的表达量,以及组织切片染色,非常具有参考价值:在这能够清晰的看到人体各个组织中ABHD8基因的表达水平:

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并且在组织中的表达量还是可以看到蛋白表达水平的:其中盲肠、胃、十二指肠、小肠、结肠、直肠、前列腺。

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并且在RNA水平比较高的是:大脑皮层,睾丸等中表达水平还是比较高的:

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并且在其他的数据库中的数据有所区别,但是基本表达水平是一致的:

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病理

接下来拉到最上面右上角选择病理选项:选择病理,看一看病理中该基因的表达水平:

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可以看到在不同的cancer中,表达水平的差异:

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并且大多数大肠癌、胰腺癌和乳腺癌以及几例恶性黑色素瘤、肺癌、前列腺癌、皮肤癌、肝癌和胃癌显示染色结果说明在细胞质和膜上表达水平为中度至强。核或核仁阳性率在少数情况下观察到。其余恶性组织大体呈弱染色或阴性:

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这一部分算是比较有意思的了:其中在不同的cancer中的组织病理切片:

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我们选择Breast cancer点进去一探究竟:有多个切片,并且在左侧都标注了该切片的详细信息。并且说明了ABHD8在该病理切片中的表达位置,以及强度。并且该图片可以放大观察。

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然后我还看到了大数据下的生存曲线:不得不再次感叹这个数据库的强大啊,自己做要花费多少刀,多少time都不知道:

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然后是临床样本中,患病不同时期,存活的时间,这个算是在数据中非常值得探索的一个数据了,特别是做药靶标的,是不是可以在ABHD8中找到与这个cancer相关的有用信息呢?是不是发SCI的节奏?想想都激动啊(又自恋了)

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以及对每个样本的详细描述:再次感叹数据库太棒了:

 

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以上,起到抛砖引玉的作用,这个数据库对于初期探索基因的功能非常有参考价值。

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