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用R语言复刻Meta分析文献

 3月7日我们对癫痫耐药性相关的一篇Meta分析文献进行了复刻,这一篇我来带你一步步实现它!

1.下载安装R语言和Rstudio

R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件,它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。

–by:百度百科

RStudio是一款R语言的IDE,R自带的环境操作起来可能不是方便,而Rstudio很好地解决了这个问题,而且它还具有调试、可视化等功能,支持纯R脚本、Rmarkdown (脚本文档混排)、Bookdown (脚本文档混排成书)、Shiny (交互式网络应用)等。

by:简书YUENFUNGDATA

R下载地址:https://www.r-project.org/

Rstudio: https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/

2.相关包的安装

library(meta)

3.数据导入

提前在Excel中整理好数据,保存为csv格式!设置文件路径(文件夹目录)。

利用read.csv函数读入已整理数据!

用R语言复刻Meta分析文献

setwd("C:/Users/")##设置文件路径read.data <- read.csv("meta-data.csv")#打开csv文件

4.具体分析

meta.2 <- metabin(AG.Events,AG.n,AA.Events,AA.n,                  data=read.data,sm="OR",studlab = Study)

读取文献得知,文献中用的是OR的随机模型。设置sm为OR。

5.绘图

分别用forest()函数和funnel()绘制森林图和漏斗图

forest(meta.2)funnel(meta.2)
 森林图

用R语言复刻Meta分析文献

 漏斗图

用R语言复刻Meta分析文献

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