1. sci666首页
  2. 实用技巧
  3. 生物信息学

不使用R语言也能做出好看的科研图

每当看见别人文章中高端大气上档次的 PPI 图、热图、富集图、韦恩图、和弦图、火山图和主成分分析图,作为不会 R 语言的科研小白,你是否也和我一样对这种提升文章质量的 Figure 望洋兴叹!

 

没事儿,今天笔者就给大家送个福利,不用 R 语言同样能做出这么好看的图。

 

今天分享的这个作图神器是 NetworkAnalyst,一个相当好用的可视化作图软件,废话少说,直接上网址 https://www.networkanalyst.ca/(复制链接到浏览器打开),讲述作图方法。

 

该网站是持续更新的,最近一次更新时间是 2019 年 5 月 4 日。进入网站首页,可以看到有几种不同的上传数据类型,处理的方法大致相同,今天笔者以 Gene List Input 这个入口给大家讲解。

 

不使用R语言也能做出好看的科研图

 

点击 Gene List Input,进入数据上传页面,这个入口,我们可以上传自己的数据。

这里我以网站的范例给大家讲解,点击 Try Example,可以看到提供了 6 个范例数据,我们选择 gene list 1,这个数据库是内毒素耐受的人源蛋白库。点击 OK,在数据输入栏中可以看到范例的数据了。

 

不使用R语言也能做出好看的科研图

 

点击 Upload 上传数据,待网页刷新后,选择右下角的 Proceed 继续,可以看到在新的页面中将出出现多种不同的作图方式。

 

不使用R语言也能做出好看的科研图

 

1. List Enrichment Network

 

选择 List Enrichment Network,进入作图可视化页面后,在中间部分会出现该数据集的富集图,这个图的颜色、布局之类可以进行调整;在页面的左边是该数据集的具体信息,包括蛋白数目和各蛋白名称;在页面右边是该数集集涉及到的主要信号通路。

 

不使用R语言也能做出好看的科研图

 

2. List Heatmap View

 

选择 List Heatmap View,进入作图可视化页面后,可以看到该数集根据蛋白的表达量制作的热图分析,在页面的上方可以对热图的颜色,边界进行修饰,还可以将该热图保存为不同的格式,直接用于文章中。

 

不使用R语言也能做出好看的科研图

 

 

3. Generic PPI

 

选择 Generic PPI,随后可以看到让选择不同的蛋白互作数据库,这里选择默认的 IMEx 数据库,随后点击 OK。在出现的页面中有 Networks 集,可以下载 SIF 格式的相互作用集。

 

不使用R语言也能做出好看的科研图

 

点击右下角的 Proceed,继续 PPI 构建,可以看到非常绚丽的 PPI 网路图。

 

不使用R语言也能做出好看的科研图

 

由于上述数集都是单一的,因此不能做 Venn Diagram 和 Chord Diagram,为此,我们重新进入数据上传页面,在范例的数据中选择 Multiple Lists,随后依次点击 OK-Upload-Proceed,进入作图方式选择页面。

 

不使用R语言也能做出好看的科研图

 

4. Venn Diagram

 

选择 Venn Diagram,进入作图可视化页面后,可以看到这三个数据集的韦恩图。

 

不使用R语言也能做出好看的科研图

 

 

5. Chord Diagram

 

选择 Chord Diagram,进入作图可视化页面后,可以看到这三个数据集的和弦图。

 

不使用R语言也能做出好看的科研图

 

除此之外,该网站还能在线做火山图和主成分分析图,回到网站首页,选择 Gene expression table 进入数据上传页面,我们以范例数据 Estrogen 为例,随后依次点击 submit-Proceed。

 

不使用R语言也能做出好看的科研图

 

进入新页面后,点击 Proceed,进入数据标准化处理页面,随后依次选择 submit-proceed。

 

不使用R语言也能做出好看的科研图

 

进入表达分析页面后,继续依次选择 submit-proceed(重复 2 次),进入作图类型页面。

 

不使用R语言也能做出好看的科研图

 

6. Volcanno Plot

 

选择 Volcanno Plot,进入可视化页面可以看到别具一格的火山图。

 

不使用R语言也能做出好看的科研图

 

7. PCA 3D

 

选择 PCA 3D,进入可视化页面后,可以获得以下主成分分析的 3D 图。

 

不使用R语言也能做出好看的科研图

 

怎么样,同为科研小白的同行们,这个作图可视化网站是不是很好用,快来试试吧,让你离高分文章更近一步。

①SCI666交流QQ群:医学综合科研群:703163967 · 生信分析群:732179952 · Meta分析群:797345521(点击群号即可加群)。
②下载提示:点击查看百度网盘会员共享账号,部分内容具有时效性,若文中的下载链接失效请留言反馈。

发表评论

登录后才能评论

联系我们

(857)626-2666

在线咨询:点击这里给我发消息

邮件:123456@whu.edu.cn

QR code