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国内网络环境优化qiime2安装过程-QIIME 2安装慢或无法下载的解决方案

原文:为qiime2国内社区贡献点力量:国内网络环境优化qiime2安装过程

脚本下载目录链接 https://github.com/demonlj/my-qiime2

Fast install qiime2 in China region

Qiime2 更新还算频繁,虽说通过conda安装很简单,但每次安装都慢的要(而且conda的wget无法断点续传),尤其在国内。以2019.10为例解释如何快速安装qiime2

  1. 分析qiime2-2019.10-py36-osx-conda.yml文件

    1. Channels 有4个,其中2-4有国内镜像可以替换,只有第一个不行

      - qiime2/label/r2019.10
      - conda-forge
      - bioconda
      - defaults

      替换为

      - qiime2/label/r2019.10
      - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
      - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
      - defaults

      这样可以解决除了qiime2安装包以外的下载问题

    2. Dependencies

      删除qiime2相关包,等建立好conda的env之后再单独安装

      - q2-alignment=2019.10.0
      - q2-composition=2019.10.0
      - q2-cutadapt=2019.10.0
      - q2-dada2=2019.10.0
      - q2-deblur=2019.10.0
      - q2-demux=2019.10.0
      - q2-diversity=2019.10.0
      - q2-emperor=2019.10.0
      - q2-feature-classifier=2019.10.0
      - q2-feature-table=2019.10.0
      - q2-fragment-insertion=2019.10.0
      - q2-gneiss=2019.10.0
      - q2-longitudinal=2019.10.0
      - q2-metadata=2019.10.0
      - q2-phylogeny=2019.10.0
      - q2-quality-control=2019.10.0
      - q2-quality-filter=2019.10.0
      - q2-sample-classifier=2019.10.0
      - q2-taxa=2019.10.0
      - q2-types=2019.10.0
      - q2-vsearch=2019.10.0
      - q2cli=2019.10.0
      - q2templates=2019.10.0
      - qiime2=2019.10.0
  2. 执行conda命令conda env create -n qiime2-2019.10 --file qiime2-2019.10-py36-osx-conda.yml,速度应该很快

  3. 下载qiime2相关包

    1. 获取包名称及md5

      conda search q2 --info -c qiime2/label/r2019.10 > ~/qiime2.packages

      vim编辑器

      $ vi qiime2.packages
      :%s/^(url.*)n(md5 +: )/1:/
      :v/^http/d
      :v/qiime2/d
      :wq
    2. 下载

      python3 fetch-qiime2-packages.py
  4. 安装qiime2软件包

    $ for n in `*.bz2`
    do
    conda install --offline $n
    done

    Note:

  • 仅仅适用于OSX,如果是linux,需要修改python文件中的prefix

安装q2-studio

npm下载electron非常慢

npm install -g cnpm --registry=https://registry.npm.taobao.org
pip install .
cnpm install

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