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SHERRY法与ATRAC-seq构建转录组文库

自新型冠状病毒肺炎疫情爆发以来,疫情状况牵动着全国人民的心。众所周知,这次疫情的幕后黑手—新冠病毒为RNA病毒,想要全面分析病毒基因、动态跟踪病毒变异、指导致病机理研究,都离不开RNA测序。目前,针对RNA测序的常规建库方法都需要先将RNA转换为双链DNA,且需经过目标RNA富集及片段化、双链DNA合成、接头连接、PCR扩增等多个步骤,总体操作繁琐、耗时长,因此,探索快速高效的建库新技术,已成为广大建库工作者的迫切需求。

✦ 聚焦新技术,展望新应用

01

SHERRY法

近日,清华大学王建斌研究团队联合北京大学黄岩谊和谢晓亮研究团队巧妙的将Tn5转座酶与转录组测序结合起来,开发了一种新的快速建库方法,并起名为SHERRY法。其建库流程是:RNA经过oligo-dT引物反转录后,Tn5转座酶随机对RNA/DNA杂合链进行切割,在片段化之后,转座酶会在杂合链两端加上接头,之后进行PCR扩增。与现有方法相比,大大简化了建库的过程,降低了起始模板投入量,对于包括冠状病毒在内的低起始量样本而言,具有非常重要的突破意义。

 

SHERRY法与ATRAC-seq构建转录组文库

 

02

ATRAC-seq

2020年1月29日,北京大学伊成器研究团队也在BioRxiv上发布了一篇名为“Transposase assisted tagmentation of RNA/DNA hybrid duplexes”的研究论文,验证了Tn5转座酶对RNA/DNA杂合链的打断作用,基于此原理对100个到1000个细胞中提取的总RNA进行快速、低成本的转录组测序,并将此技术命名为ATRAC-seq。

 

SHERRY法与ATRAC-seq构建转录组文库 

03

三种转录组测序技术路线比较

SHERRY法与ATRAC-seq构建转录组文库

图1. 常规RNA-seq、SHERRY及ATRAC-seq技术路线 

Tn5转座酶复合体因能一步打断双链DNA并且使DNA两端带上接头,而广泛应用于DNA测序。上述两篇论文研究发现,Tn5转座酶同样也能以类似的方式作用于RNA/DNA杂合链,从而能够省去传统RNA建库技术中必不可少的RNA打断、二链合成等繁琐的操作步骤;对于普通转录组测序则可不进行mRNA的富集,直接total RNA投入建库,降低了起始模板投入量,整个流程至少节省2个小时。

值得一提的是,两篇文章中,作者均使用了诺唯赞 Tn5转座酶(TruePrep® DNA Library Prep Kit V2 for Illumina)进行RNA文库制备。诺唯赞转座酶建库试剂盒自问世以来,受到了广大高校及企业的青睐,在Nature、Cell等期刊上发表了众多高影响力文章,为生命科学研究添砖加瓦。

SHERRY法与ATRAC-seq构建转录组文库

图2. 摘自《RNA sequencing by direct tagmentation of RNA/DNA hybrids》

SHERRY法与ATRAC-seq构建转录组文库

图3. 摘自《Transposase assisted tagmentation of RNA/DNA hybrid duplexes》

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