简单易懂,事半功倍。
提高接受率,人人国自然!

利用TISIDB进行肿瘤免疫分析

最近,小编在PUBMED上面发现一篇文章,就迫不及待的分享给小伙伴们~

文章的题目也分享给小伙伴们~

下图是这篇文章介绍TISIDB网站时候的配图,话说TISIDB整合了五大数据库的数据资源,对每个基因进行十种分析与注释,够逼格了吧!

 下面,开始我们今天愉快的体验~

进入官网主页如下图所示,该网站只需要我们在右下角搜索框内输入研究基因,本帖以CD47为例,点击提交。

跳转界面后,点击CD47基因名。

接下来就进入网站的分析界面了

第一个菜单是基因功能注释包括三个方面:

> Subcellular Location, Domain and Function(亚细胞定位、结构域和功能)
> Gene Ontology(GO)
> KEGG and Reactome Pathway(KEGG)

页面下拉即可查看~

第二个菜单:文献

可以看到红色方框里面的五大数据库,下拉页面是该网站引用的来自数据库中的证据。

 

第三个菜单:CD47的高通量筛选数据集

 

第四个菜单:免疫治疗

下拉页面,第一个图是各种数据集中免疫治疗应答者和非应答者之间CD47的表达差异。

第二个图是各种数据集中免疫治疗应答者和非应答者之间CD47的突变差异。

第五个菜单:淋巴细胞

人类癌症中CD47表达与免疫抑制剂之间的Spearman相关性。下拉箭头所指,可以看拷贝变异数、甲基化、突变情况与免疫抑制剂之间的Spearman相关性。

其中X轴是肿瘤类型,Y轴是各种淋巴细胞。

下面我们以胰腺癌为例,X轴选胰腺癌,Y轴选Act_CD4,点击Plot,则可看到胰腺癌中CD47与Act_CD4的相关性分析,如下图右下所示。

第六个菜单:免疫调节剂。包括:免疫增强剂、免疫抑制剂、MHC分子

分别查看胰腺癌中免疫调节剂与CD47表达的相关性。

 

第七个菜单:趋化因子,包括趋化因子和受体

分别查看胰腺癌中趋化因子和受体与CD47表达的相关性。

 

第八个菜单:亚型,包括免疫亚型和分子亚型

第一幅图中左图是人类癌症中免疫亚型中CD47表达的分布。右图是在胰腺癌中不同免疫亚型中CD47的表达情况。

第二幅图中左图是人类癌症中分子亚型中CD47表达的分布。右图是在胰腺癌中不同分子亚型中CD47的表达情况。

第九个菜单:临床,包括OS分析,肿瘤分期、分级

第一幅图左侧是CD47表达的各种肿瘤中的生存时间的分布,右侧是是胰腺癌中CD47表达差异的OS生存曲线。

第二幅图左图是具有分期数据的各种肿瘤中CD47表达的分布。右图是胰腺癌分期与CD47表达的相关性分析。

第三幅图左图是具有分级数据的各种肿瘤中CD47表达的分布。右图是胰腺癌分级与CD47表达的相关性分析。

第十个菜单:

CD47基因在该网站上无用药情况。我们不妨换个基因看看,比如MYC基因。

结果如下,可以看到以MYC为靶点的药物是图中以黑色方框来表示,绿色方框则是该药物的其他靶点。

最后总结一下TISIDB网站的优势,数据来源于五大数据库,可进行十项分析,为用户提供了一个友好的界面,可以浏览,搜索和下载数据。TISIDB宣称数据来自2530种出版物的4176条记录,这些出版物报告了988种与抗肿瘤免疫相关的基因。其次,它通过高通量筛选和基因组分析数据来鉴定与肿瘤细胞免疫细胞浸润相关的基因。再者,其预先计算了30TCGA癌症类型的多个基因和免疫特征之间的关联,例如淋巴细胞,免疫调节剂和趋化因子。

小伙伴们动动手点赞吧,这可是一个全新的网站哦!

神器网址:http://cis.hku.hk/TISIDB/

除特别注明外,本站所有文章均为SCI666原创,转载请注明出处,谢谢。sci666 » 利用TISIDB进行肿瘤免疫分析

评论 抢沙发

  • 昵称 (必填)
  • 邮箱 (必填)
  • 网址

SCI666 学习、交流、分享

生信分析交流群综合科研交流群