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穿山甲中间宿主争议始末

先声明,预印本本身就是没有经过同行评议的,强调分享和开放。这个没有错误,其所谓的观点也属于权威性不高,需要深入分析进行分辨(本文也是)。

18号biorxiv上posted一篇关于新冠病毒跟中国南方Malayan pangolins (Manis javanica)的研究分析,由于作者是管轶引起了一阵轰动,知识分子包括在内的各平台纷纷转发。

穿山甲中间宿主争议始末

穿山甲中间宿主争议始末

文章小编也看了,大概的意思是目前发现穿山甲携带的冠状病毒跟新冠的相似性比较高,有可能是潜在宿主,小心从事,建议把他们从菜市场解救出来。
小编想这篇文章更多的是呼吁,解救穿山甲,其实并不支持穿山甲是中间宿主。这一结论,这个潜在自然宿主貌似也不是很有根据。
另外拉丁名要注意斜体。
穿山甲中间宿主争议始末
石正丽课题组发表的文章,大概率上支持新冠的自然宿主应该是中华菊头蝠的RaTG13,ncov病毒跟bat-cov RaTG13相似性最高96.2%
管的文章中系统发育树如下,穿山甲携带的病毒相似性在RaTG13之外管的文章声称其相似性在85.5% to 92.4%之间,低于RaTG13。所以暂时不能认为其是中间宿主(中间宿主的话,整体相似性要高于RaTG13),也不能认为其是自然宿主,相似性不是很高。但是其还是在摘要部分写了可能是中间宿主(倾向于)。
The discovery of multiple lineages of pangolin coronavirus and their similarity to 2019-nCoV suggests that pangolins should be considered as possible intermediate hosts for this novel human virus and should be removed from wet markets to prevent zoonotic transmission.
20号,在管的文章posted的第二天。
biorxiv上炸开了锅,一共有三篇文章来讨论这个事情。
穿山甲中间宿主争议始末
穿山甲中间宿主争议始末
穿山甲中间宿主争议始末
穿山甲中间宿主争议始末
有的比较保守,题目研究的是新冠跟穿山甲携带病毒相似性的问题,有的比较刚,直接题目就是论点。
我们分别看下这文章,文章从系统发育树上,都不能支持穿山甲是中间宿主
分子和系统发育分析表明,穿山甲冠状病毒(pangolin CoV)与2019年nCoV和蝙蝠冠状病毒都有遗传关系,但不支持2019年nCoV直接来自穿山甲CoV。我们的研究还表明穿山甲是betacornavirus的天然宿主,有可能感染人类。
所以 仅此而已,算不上什么新证据。
 
唯一的力证还是华南农业大学的2月7号发布会的证据,99%的序列相似性。目前公布的信息虽然也是穿山甲,有可能是穿山甲品种不一样,也有可能是携带的病毒不一样。还是静静的等官方消息吧。
穿山甲中间宿主争议始末
紧接着也是20号,官方消息来了,他们公布了《Isolation and Characterization of 2019-nCoV-like Coronavirus from Malayan Pangolins》(《马来亚穿山甲中2019-nCoV样冠状病毒的分离与鉴定》)在biorxiv上。
 
在这项研究中,从马来亚穿山甲中分离出的一种冠状病毒亚型(Pangolin-CoV)在E,M,N和S基因中分别与2019-nCoV新冠病毒表现出100%,98.2%,96.7%和90.4%的氨基酸同一性。但是看下图系统发育树,卧槽,不是说99%的序列相似性吗(这里我猜有媒体进行错误解读)。怎么还不如蝙蝠。
穿山甲中间宿主争议始末穿山甲中间宿主争议始末
卧槽,这新闻整的的,激动死个人,如今仔细看来,貌似啥也没有。
穿山甲中间宿主争议始末
只是说多样本混拼重组相似性有这么高,单个毒株的不如蝙蝠。
也就是说暂时没有任何证据直接支持穿山甲是中间宿主(to human),说是潜在中间宿主,力度也不是很够。
21号,知识分子再发推时,对前天的文章进行了删稿处理。但是同时还有其他的兄弟平台,还是被官方误导了。
穿山甲中间宿主争议始末
所有的观点又回到了13号biorxiv推文Evidence of recombination in coronaviruses implicating pangolin origins of nCoV2019 ,新冠的起源还是蛮复杂的。
We identified high sequence similarity in the RBM between nCoV-2019 and a coronavirus genome reconstructed from a viral metagenomic dataset from pangolins possibly indicating a more complex origin for nCoV-2019.
 
至于穿山甲是不是中间宿主,新冠病毒是蝙蝠&穿山甲病毒重组,还是怎么来的,现在下结论还有点早,不过这两天的网上还真是众说纷纭.
或许这种争论会一直持续,直到出现新的力证……
 
全文完
 

再声明,预印本本身就是没有经过同行评议的,强调分享和开放。这个没有错误,其所谓的观点也属于权威性不高,需要深入分析进行分辨。(各个平台和发布会也一样)。

时间仓促,个人愚见,如有不同观点欢迎留言,有不同见解者请轻拍。

参考资料

1、新科学研究发现:穿山甲是新冠病毒的潜在中间宿主有新证据,澎湃新闻。

2、华农:穿山甲为新型冠状病毒潜在中间宿主,相似度达99%。

3、Identification of 2019-nCoV related coronaviruses in Malayan pangolins in 2 southern China。

4、Are pangolins the intermediate host of the 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) ?

5、Isolation and Characterization of 2019-nCoV-like Coronavirus from Malayan Pangolins。

6、Pangolin homology associated with 2019-nCoV。

7、Zhou, P., Yang, X., Wang, X. et al. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature (2020)https://doi.org/10.1038/s41586-020-2012-7。

8、Menachery, V., Yount, B., Debbink, K. et al. A SARS-like cluster of circulating bat coronaviruses shows potential for human emergence. Nat Med 21, 1508–1513 (2015). https://doi.org/10.1038/nm.3985。

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