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GEPIA 2.0:看看都有什么新东西吧!

今天打开GEPIA的时候突然发现页面右上角多了一个GEPIA2(test),GEPIA更新啦?作为一个重度爱好者,当然要点开来看看。直接点击此处可直到到达:http://162.105.60.246/demo_GEPIA2/about.html。可以看到GEPIA2网址还不是域名,也显示是demo版本,大概还在实验室的服务器上孵化着。

GEPIA 2.0:看看都有什么新东西吧!

从标签页比较可以直接发现新增的Isoform Detail这个功能。这个新的功能是针对同一个基因的不同转录本的细分研究。

GEPIA 2.0:看看都有什么新东西吧!

我们在分析芯片数据的时候有时候会发现一个基因不同的探针做出来结果有时候并不一致。取平均?取最大?还是舍弃?形成争论最主要的原因还是这个技术没有办法很好的区分不同转录本。而我们对于一个基因不同转录本的之间的关系还认识不清。连作用模式都猜不透。在这方面基础研究需要更加深入才能更好的进行大数据基因组分析,避免把lncRNA当junk RNA的前车之鉴。

GEPIA2这一功能也是给测序数据的表达分析提供了一个思路。在可行的范围内,我们不如将转录本分开看看,它们各自在cohort里面是什么样子。也许之前表达差异不明显的,生存区分不开的,就分开了。原来是有两个转录本在表达水平上在相互制衡。那么也许对于转录本之间的作用机制也有了新的想法。说起来好像分分钟又是一个课题设计的样子。嗯,话说,又到了国自然的申请季。

废话扯太多,还是来看看新功能具体都能做些什么吧。

Isoform Detail : Isoform usage

这一块主要就是来看一个基因的不同转录本在数据集中的表达水平的。作者是基于什么原理讲不同转录本区分开的,暂时无从得知,等待他们的全新大作,应该能得到解答。

GEPIA 2.0:看看都有什么新东西吧!

我们目前只关心怎么使用。Gene这一栏可以输入一个基因的gene symbol,这样将获得他所有已知的转录本的结果;也可以直接输入某转录本的id,可以在Ensembl上查到。目前只能一次分析一个基因。无法同时进行多个基因的分析。Dataset处可以单选可以多选。结果将分开显示。

GEPIA 2.0:看看都有什么新东西吧!

做出来的结果是violin图,和以往一样pdf格式,右键保存。

GEPIA 2.0:看看都有什么新东西吧!

 

 

Isoform Detail : Isoform structure

这个功能顾名思义就是来展示不同转录本之间的结构差异的。将需要比较的转录本Ensembl id用逗号分隔输入检索栏。

GEPIA 2.0:看看都有什么新东西吧!

目前除了demo数据ERBB2之外,我还没有run成功其他基因。可能还需要优化。这一块应该需要依赖domain相关的数据库来完善数据。相信应该有更专业进行蛋白domain比较的数据库。欢迎大家向我分享!

 

Survival : Survival Map

除了新标签之外,在旧标签Survival下其实也新增了一个功能,叫Survival Map。

GEPIA 2.0:看看都有什么新东西吧!

具体是干什么用的呢?可以参考Help里面的说明。读完以后感觉是像前面所说的针对转录本做生存分析。然而即使是使用demo的ERBB2,我也没能成功画出图来。仔细看看,好像Help里罗列的参数也没有完全呈现出来。大概该功能还在建设中吧。

GEPIA 2.0:看看都有什么新东西吧!

此外,其实在correlation功能下也有了新的升级,可以进行signature vs signature 的比较,随便选了demo数据里的两个,画出来跟个芝麻大饼似的。然后就再也没成功。估计也还在建设中。施工现场咱就不去围观了。

总的来说GEPIA2还在建设阶段,所以运行起来也不是很稳定。例如跳转到新的功能后,前一个功能做的图还挂在页面上。Isoform usage会同时作出两张一样的图的情况等。但我真的忍不住奔走相告GEPIA更新这个好消息。期待GEPIA2正式版上线!!

來源:简书

排版:小丸子

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